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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 序列比对软件的选择和进化树制作
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dxli1988

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要，我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对，分析其同源性和进化关系，目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件，二者的分析结果不同，而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的，分析结果序列的相似性就较高，而MEGAlign上的分析则空位相对很少，因而相似性较低，所以，请教各位，我该如何均衡这一结果？或者说其他软件来分析呢，请各位指教~
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逆水行舟，不进则退。
1楼 2013-01-08 15:03:23
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:22
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-01-09 06:20:50
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。
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2楼2013-01-08 15:12:47
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-08 15:12:47
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。

那是什么软件呢？
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逆水行舟，不进则退。
3楼2013-01-08 15:17:39
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:13
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。
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4楼2013-01-08 15:45:35
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

谢谢，我试试
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逆水行舟，不进则退。
5楼2013-01-08 15:49:58
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

我试了一下，不能输出那两个文件，请问是为什么呢
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逆水行舟，不进则退。
6楼2013-01-08 16:06:53
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dxli1988: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-08 19:39:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 16:06:53
我试了一下，不能输出那两个文件，请问是为什么呢...

嗯，有个秘密哈，依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input，然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。
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7楼2013-01-08 17:03:52
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 17:03:52
嗯，有个秘密哈，依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input，然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。...

怎么还是秘密呢？嘿嘿···
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逆水行舟，不进则退。
8楼2013-01-08 19:39:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-10 20:30:07
参数选择（gap and extension) 应该根据你已知的条件来设置。
比如菌种之间进化很慢，那你应该预计到变化很少，那就要增大gap的分值，而避免gap的产生。

另外如果序列不多的话，还是手动比对比较好，可以去做点motif预测，Motif是很保守的区域，你先确保motif之间没有或者很少gap，然后在比对剩下的。
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9楼2013-01-09 06:10:17
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 15:17:39
那是什么软件呢？...

嗯，我用的是clustalw。
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10楼2013-01-09 08:14:45
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