应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 序列比对软件的选择和进化树制作
51/1返回列表
查看: 2640  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要，我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对，分析其同源性和进化关系，目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件，二者的分析结果不同，而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的，分析结果序列的相似性就较高，而MEGAlign上的分析则空位相对很少，因而相似性较低，所以，请教各位，我该如何均衡这一结果？或者说其他软件来分析呢，请各位指教~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
逆水行舟，不进则退。
1楼 2013-01-08 15:03:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dxli1988: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-08 19:39:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 16:06:53
我试了一下，不能输出那两个文件，请问是为什么呢...

嗯，有个秘密哈，依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input，然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2013-01-08 17:03:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:22
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-01-09 06:20:50
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2013-01-08 15:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-08 15:12:47
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。

那是什么软件呢？
赞一下 回复此楼
逆水行舟，不进则退。
3楼2013-01-08 15:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:13
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-08 15:45:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 20:40 by jyNB2vrbdUpR
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uFOAtb1CDngh 2026-09-02 9/450 2026-09-03 20:20 by jyNB2vrbdUpR
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 5/250 2026-09-03 20:09 by jyNB2vrbdUpR
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 9/450 2026-09-03 20:07 by jyNB2vrbdUpR
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +3 jackleilei 2026-09-03 3/150 2026-09-03 19:13 by god_tian
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 18:50 by jyNB2vrbdUpR
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 11/550 2026-09-03 18:42 by jyNB2vrbdUpR
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 rFEsUBKXRll0 2026-09-02 6/300 2026-09-03 16:49 by T0rGB46095mJ
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 8/400 2026-09-03 16:38 by T0rGB46095mJ
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +10 雨打竹帘 2026-08-30 14/700 2026-09-03 13:17 by qsd10086
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 12:03 by T0rGB46095mJ
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +8 gdd2018 2026-08-28 13/650 2026-09-03 06:22 by 羽毛枫f
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭