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zemin_fang

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白进化树构建的序列选择原则

小弟最近在构建蛋白的系统进化树,由于是第一次构建,有很多地方还不是很清楚,比如说选择蛋白序列的依据是什么,是blast以后选择identity值高的,还是有其他原则?是否可以选择最新的文献里已经构建好的进化树,下载其序列,将我的序列插入其中,重新构建系统进化树?
还望各位高手不吝赐教。
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jinbo7

铁杆木虫 (正式写手)

山寨王

沙发,路过,顶起来
2楼2011-07-14 09:21:08
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zemin_fang

木虫 (正式写手)

有没有人帮帮我啊!
3楼2011-07-14 21:03:11
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xumingbest

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-07-15 10:32:23
zemin_fang(金币+2): 谢谢帮助! 2011-07-15 14:05:53
引用回帖:
Originally posted by zemin_fang at 2011-07-14 06:28:30:
小弟最近在构建蛋白的系统进化树,由于是第一次构建,有很多地方还不是很清楚,比如说选择蛋白序列的依据是什么,是blast以后选择identity值高的,还是有其他原则?是否可以选择最新的文献里已经构建好的进化树, ...

很多软件都可以做进化树的,只要是要求不是很高的进化树,只要把你的蛋白质序列和已经在NCBI上发表的序列下载下来,然后一起输入软件,自动生成进化树,个蛋白之间的相似性高低并不重要啊,只有有高有低才能在进化树上体现出亲缘关系的远近啊,我原来只是多了一点,也不是特别清楚,上述建议仅供参考。
4楼2011-07-14 21:32:38
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zhjia

金虫 (初入文坛)

同问啊,要全部选择吗?选择原则还没说清
any none can be a verb
5楼2012-10-06 21:02:25
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弋小尹

铜虫 (初入文坛)

同问啊!我也想问blast以后选择identity值高的,还是有其他原则?求高手帮助
6楼2013-11-22 11:07:03
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648949632

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 弋小尹 at 2013-11-22 11:07:03
同问啊!我也想问blast以后选择identity值高的,还是有其他原则?求高手帮助

针对我个人的案例,我做的某蛋白酶家族,蛋白酶有个知名的数据库Merops。如果综合了BlastP、NCBI已发表基因和蛋白、和我选择的Merops数据库,我得到了想要到蛋白。
7楼2015-05-20 16:11:57
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