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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 自己做的进化树急求高手指导
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tankleiming

新虫 (小有名气)

[交流] 自己做的进化树急求高手指导

大家好 ，我现在正在做进化树，有些问题不明白来请教下大家：
这个进化树中

1、L P B S 是粪肠球菌 ，  M是屎肠球菌，这个进化树如果发表文章可以用吗？


2、 我看别人的进化树每个菌前面都有一个短短的横线,我的怎么木有啊？   怎么样弄出来？    求解




                                                        祝大家研究顺利。                     
                                                             谢谢大家
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1楼 2012-08-14 21:32:00
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回帖置顶 ( 共有4个 )

tankleiming

新虫 (小有名气)
没人回答吗？   自己先顶下
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2楼2012-08-15 15:53:01
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liwanghua251

金虫 (小有名气)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
什么软件做的？只要能解释通就没问题。是不是应该再加个外群，即和这两个没关系的菌
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3楼2012-08-16 10:22:47
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
同一个菌没必要写那么多ncbi上已经发表的菌吧？
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4楼2012-08-16 11:16:42
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
DNAman等好多软件都能做的，只要说明问题就行
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6楼2012-08-16 16:23:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wdlnjau

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-28 14:45:36
数字代表置信度，即本实验重复100次，可重复性有多高，比如数字是63就说明做100次有63次得到这样的结果。至于你说的每个菌前面都有一条横线 ，根据我的经验，这是MEGA画完图之后显示选项的问题，可以自己选择以何种类型的图形显示。另外，建议你选择8-10个相似性比较高的序列且尽量不为同一属的建树，否则都是你的树中63后面的树的情况。
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9楼2012-09-26 15:24:23
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普通回帖

tankleiming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liwanghua251 at 2012-08-16 10:22:47
什么软件做的？只要能解释通就没问题。是不是应该再加个外群，即和这两个没关系的菌

mega   谢谢啊
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5楼2012-08-16 12:10:50
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cqwxy3232

新虫 (初入文坛)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
这个进化数上的数字看不明白，看懂的老师的解释一下！
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7楼2012-09-25 21:26:38
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jl860822

金虫 (正式写手)
★ ★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-28 14:45:27
数字代表置信值，相当于可信度，进化树这个东西真心看不懂，我们只能用它来简单的说明问题，但是想真正了解这个东西，可能还需要很多交叉学科的支撑，你如果要发表中文的文章，说明情况就行，要发表英文的可能需要详细的解释
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8楼2012-09-26 15:11:15
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bb123456789

金虫 (正式写手)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
??ing
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11楼2012-09-26 18:30:11
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疯狂伊文

木虫 (正式写手)
★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
我想问下怎们用 mega做0 1 分析
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12楼2012-09-28 09:49:25
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2012-09-28 14:45:50
这是用16S序列做的树图吗？为什么选用同一种菌的那么多不同菌株作为参比菌株，16S的保守性比较强，我们一般会选用供试菌株所在属内的不同种的模式菌作为参比菌做树。树图上的横线表示进化距离，没有横线是因为你选用同一种菌做参比菌，而它们之间的16S序列应该是几乎没有差异的，也就是同源性几乎是100%。另外，我们用几个做树软件，相比之下，mega做出的树图分支上的自展值是比较低的，应该影响不是很大，可显示的自展值范围也是可以设置的。
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13楼2012-09-28 11:45:06
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tankleiming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 疯狂伊文 at 2012-09-28 09:49:25
我想问下怎们用 mega做0 1 分析

嘻嘻   很简单的==
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14楼2013-01-09 21:30:24
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10临药田中华10楼
2012-09-26 17:44   回复  
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
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