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tankleiming

新虫 (小有名气)

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[交流] 自己做的进化树急求高手指导

大家好，我现在正在做进化树，有些问题不明白来请教下大家：
这个进化树中

1、L P B S 是粪肠球菌，  M是屎肠球菌，这个进化树如果发表文章可以用吗？

2、我看别人的进化树每个菌前面都有一个短短的横线,我的怎么木有啊？怎么样弄出来？求解

                                                      祝大家研究顺利。
                                                         谢谢大家

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1楼 2012-08-14 21:32:00

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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
tankleiming(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2012-09-28 14:45:50

这是用16S序列做的树图吗？为什么选用同一种菌的那么多不同菌株作为参比菌株，16S的保守性比较强，我们一般会选用供试菌株所在属内的不同种的模式菌作为参比菌做树。树图上的横线表示进化距离，没有横线是因为你选用同一种菌做参比菌，而它们之间的16S序列应该是几乎没有差异的，也就是同源性几乎是100%。另外，我们用几个做树软件，相比之下，mega做出的树图分支上的自展值是比较低的，应该影响不是很大，可显示的自展值范围也是可以设置的。