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andywang6137

木虫 (著名写手)

[求助] 请教:超家族基因扩增后确定类别及构建进化树

我用兼并引物扩增了目的基因,以前只管扩增,没考虑其他。现在要建树了,不知道如何确定其类别。NCBI比对,有的直接具体到某一小类别,有的名称直接就是大家族的名字。这种情况怎么办?
    进化树,其他序列怎么选?预测的,类似的序列,还有不同亚型的都要选吗?本人分子懂的不多,烦请高手赐教!
    先行谢过!
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

andywang6137(金币+2): 谢谢指点 2011-10-04 18:50:43
即使不晓得到底是哪个类别的基因,只要你的序列足够多,做进化树是完全可以的。
2楼2011-10-03 07:35:11
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): Good!专家辛苦! 2011-10-04 00:28:18
andywang6137(金币+5): 谢谢,不管多还是少,就是不知道怎么选序列。 2011-10-04 18:51:47
andywang6137(金币+13): 谢谢 2012-01-05 22:18:30
我做植物,也做过多基因家族,看你发表哪个类别的PAPER,如果是BMC类,序列一定要非常足够多,一般要100甚至更多,如果是其他一般刊物序列可以稍微少一些,只要能说明你的问题即可。
3楼2011-10-03 07:37:26
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2011-10-03 07:37:26:
我做植物,也做过多基因家族,看你发表哪个类别的PAPER,如果是BMC类,序列一定要非常足够多,一般要100甚至更多,如果是其他一般刊物序列可以稍微少一些,只要能说明你的问题即可。

序列是越多越接近真实的结果。尽量多挑克隆测序,序列可以考虑都用于分析。
4楼2011-10-04 18:55:50
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