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andywang6137

木虫 (著名写手)

[求助] 请教：超家族基因扩增后确定类别及构建进化树

我用兼并引物扩增了目的基因，以前只管扩增，没考虑其他。现在要建树了，不知道如何确定其类别。NCBI比对，有的直接具体到某一小类别，有的名称直接就是大家族的名字。这种情况怎么办？
    进化树，其他序列怎么选？预测的，类似的序列，还有不同亚型的都要选吗？本人分子懂的不多，烦请高手赐教！
    先行谢过！
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1楼 2011-10-02 21:56:53
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

andywang6137(金币+2): 谢谢指点 2011-10-04 18:50:43
即使不晓得到底是哪个类别的基因，只要你的序列足够多，做进化树是完全可以的。
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2楼2011-10-03 07:35:11
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): Good！专家辛苦！ 2011-10-04 00:28:18
andywang6137(金币+5): 谢谢，不管多还是少，就是不知道怎么选序列。 2011-10-04 18:51:47
andywang6137(金币+13): 谢谢 2012-01-05 22:18:30
我做植物，也做过多基因家族，看你发表哪个类别的PAPER，如果是BMC类，序列一定要非常足够多，一般要100甚至更多，如果是其他一般刊物序列可以稍微少一些，只要能说明你的问题即可。
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3楼2011-10-03 07:37:26
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2011-10-03 07:37:26:
我做植物，也做过多基因家族，看你发表哪个类别的PAPER，如果是BMC类，序列一定要非常足够多，一般要100甚至更多，如果是其他一般刊物序列可以稍微少一些，只要能说明你的问题即可。

序列是越多越接近真实的结果。尽量多挑克隆测序，序列可以考虑都用于分析。
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4楼2011-10-04 18:55:50
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