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王有朝

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于基因扩增的问题

NCBI上的序列是cDNA序列还是全基因组序列？如果我想扩增鱼的Beta-actin基因，按NCBI上序列设计一对引物，那么用作原料的鱼类肌肉提取DNA后是否还得反转录才能进行扩增？
    谢谢高手指点！
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1楼 2011-03-01 13:41:11
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glidingwater

银虫 (小有名气)
DNA不需反转录，如果提取的是RNA才需反转录后扩增
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2楼2011-03-02 20:54:56
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nininini

银虫 (小有名气)
直接扩增就好了~~
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3楼2011-03-02 21:00:34
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zy020202

金虫 (正式写手)
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励积极参与~~~ 2011-03-02 21:35:54
数据库中的DNA序列有的是全序列，有的仅有编码区，你要看好了。
RNA才需要反转录成cDNA,若需要全基因组包括非编码区，最好是用反求基因组学，通过提取RNA，RT-PCR得到DNA。
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4楼2011-03-02 21:03:48
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王有朝

新虫 (小有名气)

再次请教下

引用回帖:
Originally posted by zy020202 at 2011-03-02 21:03:48:
数据库中的DNA序列有的是全序列，有的仅有编码区，你要看好了。
RNA才需要反转录成cDNA,若需要全基因组包括非编码区，最好是用反求基因组学，通过提取RNA，RT-PCR得到DNA。

我分子学的不好啊。我的意思是DNA不是包含内含子吗。
NCBI给出的序列包括内含子序列吗？如果包括内含子序列那么我们对一个基因扩增是不是要提取全RNA反转录成cDNA后再对这一基因进行扩增？还是直接通过NCBI上的序列设计引物进行扩增？
谢谢回答！
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5楼2011-03-03 17:08:06
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zy020202

金虫 (正式写手)
王有朝(金币+2): 谢谢 2011-03-04 21:39:52
引用回帖:
Originally posted by 王有朝 at 2011-03-03 17:08:06:
我分子学的不好啊。我的意思是DNA不是包含内含子吗。
NCBI给出的序列包括内含子序列吗？如果包括内含子序列那么我们对一个基因扩增是不是要提取全RNA反转录成cDNA后再对这一基因进行扩增？还是直接通过NCBI上的 ...

嗯，有的不包括5‘上游和3’下游的非编码区，我是用于包装病毒，这两个区对病毒粒子很重要的，所以提取RNA后反转录成cDNA，再构建质粒转染包装病毒粒子，你的情况具体分析下吧，我了解也不是很深！
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6楼2011-03-03 21:09:13
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