24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1835  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友,最近有mega5绘制微生物进化树,发现两个问题不知怎么处理,希望有经验的朋友能给予指导:
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好,选取约20个max identity最大的进行比对,结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多,最少的20多,不知什么原因?
1.同上,一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因?
急求有经验的虫友指导!
谢谢各位!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 09:23:54:
你选择别的一些菌试试,60多其实还是可以的,一般50以上的都还可以,就是说比例占到一半以上了;
你的很多都很小,说明你用的这些序列之间不好分开,那就再选择不同的菌序列试试了……还有,个人认为,你用来建树 ...

多谢你的建议,我使用MEGA做的,这种软件做出来的权威吗?发文章时别人后不会质疑这种软件?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
7楼2011-07-13 10:44:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的,那么你做的树就不对了。
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

同志们,熟悉的出来吼两声
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703 化学 求调剂,一志愿山东大学 342 分 +5 Shern—- 2026-03-28 5/250 2026-03-29 23:32 by 飞行日记西
[考研] 327求调剂 +3 小卡不卡. 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:29 by 无际的草原
[考研] 各位老师好,我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +9 Koxui 2026-03-28 9/450 2026-03-29 20:43 by 无际的草原
[考研] 343求调剂085601 +3 要努力学习x 2026-03-29 3/150 2026-03-29 18:35 by wxiongid
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +7 李李不服输 2026-03-26 7/350 2026-03-29 16:25 by 学员8dgXkO
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 压国家一区线,求导师收留,有恩必谢! +7 迷人的哈哈 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by 催化大白
[考研] 347求调剂 +3 山顶见α 2026-03-25 3/150 2026-03-28 14:13 by 唐沐儿
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 291求调剂 +6 HanBeiNingZC 2026-03-24 6/300 2026-03-28 07:55 by baoball
[考研] 328求调剂 +7 嗯滴的基本都 2026-03-27 7/350 2026-03-28 04:19 by fmesaito
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +10 材料学257求调剂 2026-03-23 11/550 2026-03-27 10:13 by YCIT- LHL
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
信息提示
请填处理意见