24小时热门版块排行榜    

查看: 4532  |  回复: 8

cuizk3

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI上的mRNA序列的一个问题

我在NCBI上找到一个基因组,并从中找到一个mRNA序列,但是我始终搞不明白的是,这个mRNA序列的后半段我能把它反向互补在这个基因组中找到原序列,但是前面的一段我始终在基因组中找不到原序列。请大虾们帮我解答一下呗,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

超越自我
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基因组中有内含子,mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列,当然直接比对出不来结果的啊。
正常。
2楼2012-07-09 23:24:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-07-09 23:24:17
基因组中有内含子,mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列,当然直接比对出不来结果的啊。
正常。

我的情况是这样的这个mRNA(我以fasta格式下载下来)是1219bp的,而这个mRNA的787bp(令人奇怪的是在整个mRNA的后半部分连续的787bp)我可以在基因组里反向互补找到,而这787bp正好是NCBI上标注的mRNA的序列(在基因组中已经被完整标注)。但是这个NCBI上提供的mRNA的432bp(整个mRNA的前半部分)我是死后找不到
超越自我
3楼2012-07-09 23:34:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angie8610

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下
新手上路,多多关照!
4楼2012-07-12 09:38:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by angie8610 at 2012-07-12 09:38:41
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下

我用傍边的runblast比对了一下,确实是前面的432bp没有比对上
超越自我
5楼2012-07-13 21:41:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

skuy1223

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是因为选择性剪切的原因啊?可能包含有内含子的序列。
努力!
6楼2012-07-13 22:28:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by skuy1223 at 2012-07-13 22:28:21
是不是因为选择性剪切的原因啊?可能包含有内含子的序列。

我的意思是这样的,假如gtctgctgcatagaaacacagtagagtttctcactggaagaaaaataaacacttctgtttgcagttccagtccctgaaaacactgcagcttcacttcttccatgcgcacgtgtgtgcgtctgtgtgtttgagtctatttgagacacacacacacacacacatagtctctcagctcatctagtcacataaaccagttttctagaactttttttaaagtctgctttggtgtgtaagggctgacagagggtgttttgggtact
gatctgtgcatgtgttcaggtttggtatcaggtgtgtcctgcagacggggcgtcccccagccggatactgcccaggaaggtggtgtggttgctcatggagatggaggtgtcctcgtataccatgcgaatggagattctctgacgagctcgtaacaaacacactccggctgtgtagcaggtgttgaacttgcgctggccggtttcgatgcttctggtgcagcgtaagaacggagttttgtccaccatcacctcgtaactggcaatgtcggtgaaattcaggtaatatac这段序列,只有下面的序列能比对上,而上面的那一段完全在原序列上找不到
您能举个例子说明一下嘛,我不太明白你的意思
超越自我
7楼2012-07-16 10:53:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao20020757

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个问题比较难办,飘过
做出点成绩来
8楼2012-07-16 13:32:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
9楼2012-07-18 09:03:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cuizk3 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见