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macleod

木虫 (正式写手)

[交流] ]NCBI上只有基因编号没有名字的这种是不是未知的？

比如这种，只有前面种属字母加一个编号的，还是假定蛋白的，是不是就是说没有人研究过这个基因，这个基因还没有名字和功能的相关文章发表？

Gene symbol  azo0558
Gene description hypothetical protein
Locus tag azo0558

另外，这种假定的基因的名字怎么叫呢？就叫azo0558么？
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1楼 2012-05-25 08:48:41
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elon1133

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
macleod(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+7, MicEPI+1, 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表，不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候，没有在特定的数据库里（比如NR）里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hypothetical protein。
要想知道它的具体信息，必须自己做进一步的分析，比如做结构域的扫描（CDD，Pfam等）。你的蛋白的cdd结果是“
Description        PssmId        Multi-dom        E-value
DUF269 super family[cl03973], Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within ...
155787        no        2.09e-70
Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within nitrogen fixation operons.
The actual alignment was detected with superfamily member pfam03270:”。
是不是有功能验证可以根据这个自己去查。
基因的名称，如果你发文章，自己命名去。
不知道这么说，你有没有明白。呵呵
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2楼2012-05-25 20:31:28
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macleod

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 20:31:28
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表，不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候，没有在特定的数据库里（比如NR）里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hyp ...

多谢，学习了。
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3楼2012-05-25 21:02:26
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macleod

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 20:31:28
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表，不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候，没有在特定的数据库里（比如NR）里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hyp ...

我查到我关心的另一个，结果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is found in various periplasmic ligand-binding sensor proteins.

好像没有已知的功能。。。
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4楼2012-05-25 21:13:06
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elon1133

新虫 (小有名气)
★
macleod: 金币+1 2012-05-25 23:16:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by macleod at 2012-05-25 21:13:06
我查到我关心的另一个，结果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is ...

对于这个问题，我给出以下意见：
第一：可以blaspt一下，看看相似蛋白有没有功能验证，如果identity在35%以上，coverage在70%以上或者保守结构域区域没有覆盖的蛋白的功能没有报道，基本上认为是功能位知蛋白。
第二：在以上条件符合后，可以分析蛋白的性质，比如sp，tm，DNA binding等等
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5楼2012-05-25 21:36:54
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macleod

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 21:36:54
对于这个问题，我给出以下意见：
第一：可以blaspt一下，看看相似蛋白有没有功能验证，如果identity在35%以上，coverage在70%以上或者保守结构域区域没有覆盖的蛋白的功能没有报道，基本上认为是功能位知蛋白。
...

非常感谢，我研究一下！
只是目前我们做的可能没办法做蛋白这么详细，暂且都是敲除、互补验证这些实验，可我觉得我发现这个基因应该对一个表型有很大的作用。
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6楼2012-05-25 23:19:00
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JOEF7楼
2012-06-01 14:17   回复  
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