24小时热门版块排行榜    

查看: 2095  |  回复: 6
本帖产生 1 个 MicEPI ,点击这里进行查看

macleod

木虫 (正式写手)


[交流] ]NCBI上只有基因编号没有名字的这种是不是未知的?

比如这种,只有前面种属字母加一个编号的,还是假定蛋白的,是不是就是说没有人研究过这个基因,这个基因还没有名字和功能的相关文章发表?

Gene symbol  azo0558
Gene description hypothetical protein
Locus tag azo0558

另外,这种假定的基因的名字怎么叫呢?就叫azo0558么?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elon1133

新虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
macleod(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+7, MicEPI+1, 鼓励新虫,谢谢交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表,不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候,没有在特定的数据库里(比如NR)里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hypothetical protein。
要想知道它的具体信息,必须自己做进一步的分析,比如做结构域的扫描(CDD,Pfam等)。你的蛋白的cdd结果是“
Description        PssmId        Multi-dom        E-value
DUF269 super family[cl03973], Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within ...
155787        no        2.09e-70
Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within nitrogen fixation operons.
The actual alignment was detected with superfamily member pfam03270:”。
是不是有功能验证可以根据这个自己去查。
基因的名称,如果你发文章,自己命名去。
不知道这么说,你有没有明白。呵呵
2楼2012-05-25 20:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

macleod

木虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 20:31:28
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表,不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候,没有在特定的数据库里(比如NR)里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hyp ...

多谢,学习了。
3楼2012-05-25 21:02:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

macleod

木虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 20:31:28
判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表,不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候,没有在特定的数据库里(比如NR)里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hyp ...

我查到我关心的另一个,结果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is found in various periplasmic ligand-binding sensor proteins.

好像没有已知的功能。。。
4楼2012-05-25 21:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elon1133

新虫 (小有名气)



macleod: 金币+1 2012-05-25 23:16:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by macleod at 2012-05-25 21:13:06
我查到我关心的另一个,结果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is ...

对于这个问题,我给出以下意见:
第一:可以blaspt一下,看看相似蛋白有没有功能验证,如果identity在35%以上,coverage在70%以上或者保守结构域区域没有覆盖的蛋白的功能没有报道,基本上认为是功能位知蛋白。
第二:在以上条件符合后,可以分析蛋白的性质,比如sp,tm,DNA binding等等
5楼2012-05-25 21:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

macleod

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 21:36:54
对于这个问题,我给出以下意见:
第一:可以blaspt一下,看看相似蛋白有没有功能验证,如果identity在35%以上,coverage在70%以上或者保守结构域区域没有覆盖的蛋白的功能没有报道,基本上认为是功能位知蛋白。
...

非常感谢,我研究一下!
只是目前我们做的可能没办法做蛋白这么详细,暂且都是敲除、互补验证这些实验,可我觉得我发现这个基因应该对一个表型有很大的作用。
6楼2012-05-25 23:19:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
JOEF7楼
2012-06-01 14:17   回复  
macleod(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 macleod 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-16 10/500 2026-03-18 00:01 by 星空星月
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 5/250 2026-03-17 22:01 by 睿08
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +5 慕寒mio 2026-03-16 5/250 2026-03-17 21:31 by hmn_wj
[考研] 296求调剂 +5 大口吃饭 身体健 2026-03-13 5/250 2026-03-17 21:05 by 不惑可乐
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[硕博家园] 深圳大学硕士招生(2026秋,传感器方向,仅录取第一志愿) +4 xujiaoszu 2026-03-11 9/450 2026-03-17 10:29 by xujiaoszu
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 283求调剂,材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
信息提示
请填处理意见