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[交流]
]NCBI上只有基因编号没有名字的这种是不是未知的？
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比如这种，只有前面种属字母加一个编号的，还是假定蛋白的，是不是就是说没有人研究过这个基因，这个基因还没有名字和功能的相关文章发表？ Gene symbol azo0558 Gene description hypothetical protein Locus tag azo0558 另外，这种假定的基因的名字怎么叫呢？就叫azo0558么？ |
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6楼2012-05-25 23:19:00
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macleod(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+7, MicEPI+1, 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
macleod(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+7, MicEPI+1, 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
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判断一个一个基因有没有名字和功能的相关文章发表，不是通过这种genbank的简单信息来判断的。hypothetical protein 是当时基因组注释的时候，没有在特定的数据库里（比如NR）里找到相应的同源蛋白或者同源蛋白是hypothetical protein。 要想知道它的具体信息，必须自己做进一步的分析，比如做结构域的扫描（CDD，Pfam等）。你的蛋白的cdd结果是“ Description PssmId Multi-dom E-value DUF269 super family[cl03973], Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within ... 155787 no 2.09e-70 Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within nitrogen fixation operons. The actual alignment was detected with superfamily member pfam03270:”。 是不是有功能验证可以根据这个自己去查。 基因的名称，如果你发文章，自己命名去。 不知道这么说，你有没有明白。呵呵 |
2楼2012-05-25 20:31:28
3楼2012-05-25 21:02:26
4楼2012-05-25 21:13:06