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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？
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青云1989514

金虫 (正式写手)

[求助] 在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？

RT，我想搜索物种A的基因a，在NCBI里以a A为query，搜索到的基因有多个，那么如何来确定该基因a的序列呢？请大家帮帮忙
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1楼 2013-07-11 11:23:30
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lkp282704124

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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青云1989514: 金币+1, ★有帮助 2013-07-11 16:58:31
搜索出来的都有名字，你可以找A名字的基因，就是你的物种A的a了
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假作真时真亦假，无为有处有还无。
2楼2013-07-11 13:47:48
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青云1989514

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lkp282704124 at 2013-07-11 13:47:48
搜索出来的都有名字，你可以找A名字的基因，就是你的物种A的a了

哦，上面应该更正过来，说的是蛋白，就是物种A的a蛋白。但是会出现这种情况：搜索出来有1、2、3等好几条序列，他们的名字都叫物种A的a蛋白，可是这些序列却不是一样的，这怎么确定哪条序列是该物种A的a蛋白呢？
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3楼2013-07-11 14:27:23
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wangzhongyu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
青云1989514: 金币+1, ★有帮助 2013-07-11 16:58:44
先看是否是同一物种，再看基因序列是否是完整序列，最后分析基因序列！
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4楼2013-07-11 15:46:46
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青云1989514

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangzhongyu at 2013-07-11 15:46:46
先看是否是同一物种，再看基因序列是否是完整序列，最后分析基因序列！

都是同一物种，并且完整
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5楼2013-07-11 16:59:26
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
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青云1989514: 金币+1 2013-07-17 14:24:00
有可能，这个a蛋白是由不同亚基构成的，或可能种内差异很大，或本身存在这a蛋白同种功能的基因，如菊粉外切酶在无花果木霉中就有四个相同功能蛋白。
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6楼2013-07-11 17:12:48
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

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引用回帖:
5楼: Originally posted by 青云1989514 at 2013-07-11 16:59:26
都是同一物种，并且完整...

这个现象很常见，尤其在植物里。有gene duplication，然后分别进化的，还有有可能是SNP，不同个体之间发生的差异。
所以这些都可以作为基因，看你的目的了。比如如果是设计酶切位点，那就要获得所有的变种，然后生成alignment，找conserved motif或者consensus sequence。
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7楼2013-07-11 19:38:16
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bioysy

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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青云1989514: 金币+1 2013-07-17 14:24:11
你这里的a蛋白应该表示的是一类蛋白，比如过氧化物酶，这种酶在植物里有很多基因编码，序列不同很正常。至于到底是找哪个，需要其它条件来确定
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独乐乐，不如与众乐
8楼2013-07-12 00:20:47
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lkp282704124

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
青云1989514: 金币+1 2013-07-17 14:24:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青云1989514 at 2013-07-11 15:27:23
哦，上面应该更正过来，说的是蛋白，就是物种A的a蛋白。但是会出现这种情况：搜索出来有1、2、3等好几条序列，他们的名字都叫物种A的a蛋白，可是这些序列却不是一样的，这怎么确定哪条序列是该物种A的a蛋白呢？...

它们都是同源的蛋白，序列的差异不大，但是名字绝对会稍有不同，你就照它们的名字啊！
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假作真时真亦假，无为有处有还无。
9楼2013-07-12 07:39:58
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青云1989514

金虫 (正式写手)
谢谢各位的诚恳意见！
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10楼2013-07-17 14:25:26
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