24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 6015  |  回复: 16

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用blast进行多序列两两比对

比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两比较的结果?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dulei

木虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与,不过看了那个工具的简介,好像不是楼主所要的功能,还是单一序列对多序列,请详细说明 2013-04-06 08:31:19
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。
4楼2013-04-05 19:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对
3楼2013-04-05 05:34:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 05:34:11
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对

我也了解了下fasta。似乎也不太合适。blast如果我把所有序列都放在两个框里,倒是凑合了。目前正在往上跑,得先看看结果再说了多谢帮助
6楼2013-04-06 10:32:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpwupingwp

木虫 (正式写手)

两两对比的话可以编个脚本
我是一对多 用的blastall
南无观世音菩萨
10楼2013-04-07 21:37:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢提供思路 2013-04-05 05:34:29
chenfeng0312: 金币+10, 有帮助, 我现在就是用这样的方法。没办法,找不到其他的招了 2013-04-06 10:20:35
如果用blast的话,那就拿所有的序列构建数据库;然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……
2楼2013-04-04 20:56:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dulei at 2013-04-05 19:48:34
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。

对呀,是不太合适。现在使用blast把所有序列在两个框里都输进去,也算凑合能用了
5楼2013-04-06 10:21:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

似乎现在的序列查询和搜索工具都没有类似功能,觉得有时候很不方便。尤其做生物信息学的话,两两间相似度还是很常用的。
7楼2013-04-06 10:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

奔跑的乌拉龟

铜虫 (正式写手)

vector也可以用的
脚踏实地
8楼2013-04-06 15:59:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 奔跑的乌拉龟 at 2013-04-06 15:59:48
vector也可以用的

vector 是什么工具?麻烦提供一下网址好么,谢谢
9楼2013-04-07 10:40:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chenfeng0312 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程调剂289 +44 yang婷 2026-04-07 50/2500 2026-04-12 02:36 by 秋豆菜芽
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +7 涵竹刘 2026-04-11 9/450 2026-04-11 23:13 by 溪涧流水
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 材料与化工调剂 10+11 下一站上岸@ 2026-04-10 36/1800 2026-04-11 10:26 by 89436494
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 22408 366分,本科211,一志愿西工大 +4 Rubt 2026-04-09 4/200 2026-04-10 19:51 by chemisry
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 一志愿沪9,326生物学求相关专业调剂 +4 刘墨墨 2026-04-09 4/200 2026-04-10 12:07 by pengliang8036
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 085404,285分求调剂 +12 薇薇考研 2026-04-07 14/700 2026-04-09 23:10 by parmtree
[考研] 考研调剂 +13 冰冰,,, 2026-04-07 13/650 2026-04-09 17:01 by Lilly_Li
[考研] 求机械专硕297第二批调剂 +5 拾柒12。 2026-04-08 5/250 2026-04-09 16:43 by 允当适度
[考研] 274求调剂 +5 山阿蔓 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:28 by 18828373951
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 专硕085403,291分,有两篇专利,一国一奖 +3 哈吉咪哈吉咪 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:21 by 蓝云思雨
[考研] 22408 318分求调剂 +4 勤奋的小笼包 2026-04-06 6/300 2026-04-07 15:05 by 纸鹤555
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见