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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 如何使用blast进行多序列两两比对

比如，我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为：ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是，不管是网络版还是单机版，能不能直接输入a b c d，然后就得到所有两两比较的结果？

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1楼2013-04-04 14:39:03

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chenfeng0312

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引用回帖:

3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 05:34:11
这个目的的话，可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对

我也了解了下fasta。似乎也不太合适。blast如果我把所有序列都放在两个框里，倒是凑合了。目前正在往上跑，得先看看结果再说了

多谢帮助

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6楼2013-04-06 10:32:34

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gaoyang636

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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wizardfan: 金币+2, 谢谢提供思路 2013-04-05 05:34:29
chenfeng0312: 金币+10, ★有帮助, 我现在就是用这样的方法。没办法，找不到其他的招了 2013-04-06 10:20:35

如果用blast的话，那就拿所有的序列构建数据库；然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……

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2楼2013-04-04 20:56:14

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