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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » BLAST 序列分析
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jiangronglu

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] BLAST 序列分析 已有2人参与

NCBI上，我提交的序列与已经提交的序列比对后，发现标号正好相反如下图：

BLAST 序列分析
20140314162219.png
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1楼 2014-03-14 16:27:33
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiangronglu(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-15 10:42:27
jiangronglu: 金币+6, ★有帮助 2014-03-15 14:24:29
DNA一般都是双链的，NCBI数据库里原先收录了互补链，所以blast和你的序列标号相反，这种情况很常见的。NCBI收录DNA时一般都是只要一条链的，比如人类基因组30亿个bp，要是两条链都收录的话，就无端端的多地占用了一倍的内存，很不划算。
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2楼2014-03-15 10:31:03
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jiangronglu

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-03-15 10:31:03
DNA一般都是双链的，NCBI数据库里原先收录了互补链，所以blast和你的序列标号相反，这种情况很常见的。NCBI收录DNA时一般都是只要一条链的，比如人类基因组30亿个bp，要是两条链都收录的话，就无端端的多地占用了一 ...

楼主说的DNA双链应该是互补的啊？按我比对结果的好像应该是双链的信息一样的，而不是互补的啊？
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努力就有收获，人人都能成功
3楼2014-03-15 14:25:42
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiangronglu at 2014-03-15 14:25:42
楼主说的DNA双链应该是互补的啊？按我比对结果的好像应该是双链的信息一样的，而不是互补的啊？...

这是Blast给出的比较人性化的显示方式！你想要是另一条链显示互补链，那如果使用者对比对结果有疑问，需要细查，就得一个个碱基转换过来，很麻烦。
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4楼2014-03-15 17:41:09
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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jiangronglu(gyesang代发): 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 18:38:43
一段双链DNA又没有方向
你的序列跟数据库里方向相反是在正常不过的事情了
你要是看不顺眼就把序列摘下来reverse一下
能做这件事的工具很多
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5楼2014-03-15 18:16:00
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