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菌株16S rDNA同源性分析方法！！已有4人参与
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此部分紧接着几天前整理出的测序结果的处理方法之后，有兴趣的可做参考！ （2）序列同源性比较方法： 1，打开网页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; 2，在网页的中间部分有个“Basic BLAST”，其下有一个选项“nucleotide blast”; 3，点开“nucleotide blast”，出现一个空白框，上面有一行字“Enter accession number(s),gi(s),or FASTA sequence(s)”，将你的序列复制到这个空白框中； 4，其他的都不变，不必添加什么。注意网页中间部分有个Database，选中“Others (nr etc.)”; 5，点击网页下部的“BLAST”按钮，等待数十秒钟（不要急，多等一会哈！！），直到网页中出现一个很大的表格； 6，这个表格就是和你的细菌的16S rDNA序列相似性很高的序列。 Accession:去掉后面的“.1”就是可以查序列的GenBank登录号了； Description:对菌株的描述； 7，把那个表格拖过去，会有很长很长一段对每个相似度较高序列的说明，其中在各个序列的前段部分会有以下几个数值： Score：提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似； Expect：比对的期望值，比对越好，expect越小。一般在核酸层次的比对，expect值小于1e-10时，就算比对很好了，多数情况下为0； Identities：提交的序列好参比序列的相似性； Gaps：空位，指对不上位的碱基数目； Strand：链的方向，Plus/Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的；Plus/Plus意味着二者是皆为正向； 8，这样就可以从那个表格中挑选出一些有代表性的菌株，拷贝其16S rDNA序列，用于进一步的系统发育树分析； [ Last edited by tuobaohua on 2011-7-26 at 11:52 ] |
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