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三蛰

铜虫 (小有名气)

[求助] blast后的identity

氨基酸比对后发现与其他生物的同源基因的氨基酸identity只有有54%,这样能认为我得到的基因就是我要的。
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我不会!
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kernim

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
三蛰: 金币+1, 有帮助 2013-11-21 20:49:13
不能吧,我们比对都要相似度98%左右的,还要看一个cover吧
2楼2013-11-20 22:16:39
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-11-21 08:52:28
三蛰: 金币+2, 有帮助 2013-11-21 20:47:53
这个真的没有统一的量化标准,有的直系同源物在物种间只有15%一致性,有的一致性到了80%以上还是旁系同源。因为同源性和序列一致性本来就是两个角度的描述。
一般来说,物种间双向blastp比对之后,彼此都是top hit,且具有相对较高的序列一致性,就可以先说认为是直系同源了,可以继续通过功能实验加以印证。
3楼2013-11-21 05:32:45
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xiaoyi-1988

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
三蛰: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-21 20:47:37
初步可以断定为同源了,我们在研究蛋白功能时通过氨基酸序列比对一般序列相同度达到40%,我们就会对其是否就有相关功能加以用实验的方法对其研究,比对后整体序列相同度不高时,楼主可以看一下局部相同度是否高,然后分析其是否含有相同的结构域和保守区。
风雨无悔,踏踏实实走好人生路上的每一步。
4楼2013-11-21 09:18:32
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三蛰

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyi-1988 at 2013-11-21 09:18:32
初步可以断定为同源了,我们在研究蛋白功能时通过氨基酸序列比对一般序列相同度达到40%,我们就会对其是否就有相关功能加以用实验的方法对其研究,比对后整体序列相同度不高时,楼主可以看一下局部相同度是否高,然 ...

谢谢!局部有不少同源性较高的保守区!最近查了文献觉得您说的对!谢谢拉!
我不会!
5楼2013-11-21 20:38:10
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三蛰

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kernim at 2013-11-20 22:16:39
不能吧,我们比对都要相似度98%左右的,还要看一个cover吧

cover是97
我不会!
6楼2013-11-21 20:40:23
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