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201014162

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树的建立和分析

最近在做系统发育树,得到结果如图,我测得几个序列只有两个和NCBI上的在一支,其他的都在另一支上,这是什么原因?我已经找的相似度较大的了。这样的话怎么分析呀?请高手赐教!谢谢

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生命在于奋斗
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1.先说清楚你构建的是什么树,什么方法,你的标记用的是什么,长度和多态性。
2.是不是几种建树方法都一直。
3.如果你建的是有根树,外群找的是否合适。
4.你到底要说明什么问题。
   光凭一课说,基本说明不了什么问题。
   祝好!
将相本无种★男儿当自强
9楼2013-03-28 17:24:18
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普通回帖

lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-03-27 21:02:12
我觉得这也挺正常的吧,就描述一下这个结果就可以啊,为什么一定要找是什么原因呢?楼主是不是希望下面一簇里最好有一个已知物种啊?不知道像3 6 11 2 这些序列在GenBank做 blast 的话跟best hit有多高identity?best hit是上面一簇里的某个种吗?
2楼2013-03-27 19:59:26
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niil

金虫 (正式写手)

楼主是否可以告知最下面那个分支里面的序列的blast的结果。比如说,bacteria 3的blast结果是和那个物种最相似?
Stop fighting,let it flow.
3楼2013-03-27 20:57:40
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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2013-03-27 19:59:26
我觉得这也挺正常的吧,就描述一下这个结果就可以啊,为什么一定要找是什么原因呢?楼主是不是希望下面一簇里最好有一个已知物种啊?不知道像3 6 11 2 这些序列在GenBank做 blast 的话跟best hit有多高identity? ...

对  我是想要这些未知的得有同源的吧  检索的相似度高的都放了  结果都没有  这样的话不等于说我测了   结果全是未知种了吗
生命在于奋斗
4楼2013-03-28 08:42:00
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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by niil at 2013-03-27 20:57:40
楼主是否可以告知最下面那个分支里面的序列的blast的结果。比如说,bacteria 3的blast结果是和那个物种最相似?

比如说:
3 对应的是DQ413148.1 Zoogloea caeni strain EMB 43
6 对应的是AF458779.1 Clostridium subatlanticum
11            AF134070.1 Actinomadura vinacea

我是在韩国一个序列分析网站上查的,这个网站给出相似度,但是他检索的的时候好像不检索uncultured,结果相似度都不高,而NCBI里检索的都是99%,不知道找那些
生命在于奋斗
5楼2013-03-28 08:46:56
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niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-28 15:55:40
201014162: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-29 09:58:28
楼主,我觉得问题可能出在序列处理上。
进化树的构建之前的序列比对,需要把序列的方向弄的一致才行,要么都是有义链,要么都是无义链。
从进化树的结果来看,你把最下面分支里的9个序列互补翻转过来,估计结果会好一点。
要是问题不是出在这里,那么楼主就得考虑如何把这个树解释的合理一点,能让人接受就好啦。
Stop fighting,let it flow.
6楼2013-03-28 09:19:50
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
201014162: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-29 09:59:23
引用回帖:
5楼: Originally posted by 201014162 at 2013-03-28 08:46:56
比如说:
3 对应的是DQ413148.1 Zoogloea caeni strain EMB 43
6 对应的是AF458779.1 Clostridium subatlanticum
11            AF134070.1 Actinomadura vinacea

我是在韩国一个序列分析网站上查的,这个网 ...

我觉得还是要按NCBI的来吧,你可以只选择各自得分最高的一条放进来啊。不然确实给人下面这一大支全都是新物种的感觉
7楼2013-03-28 13:59:47
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yang1279

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主要说清楚是用核酸还是蛋白序列做的树,还有是用什么方法做的, 我觉得可能你的alignment有些问题
8楼2013-03-28 14:29:58
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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by niil at 2013-03-28 09:19:50
楼主,我觉得问题可能出在序列处理上。
进化树的构建之前的序列比对,需要把序列的方向弄的一致才行,要么都是有义链,要么都是无义链。
从进化树的结果来看,你把最下面分支里的9个序列互补翻转过来,估计结果会 ...

好的  多谢  我试试
生命在于奋斗
10楼2013-03-29 09:50:52
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