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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树构建
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zhang860215

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树构建

各位高人：
     本人鉴定出一株菌构建出的发育树想当不理想，不知是什么原因，能有那位高人帮我构建一下，主要是急需，来不急一点点找原因，先把结果弄好，我后面再学习，有能构建的我发相关序列给你，谢谢了！
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
1楼 2013-01-04 19:51:43
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cqlsf

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
现有的序列i是段 16s，还是什么？  考虑DNAMAN，ClustalX 试试
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老顽虫是大酱油滴：知新，行知，业精于勤。。。木虫的闺蜜叫木马。。
2楼2013-01-04 20:25:24
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你需要用什么方法或软件构建？mega行不行？
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3楼2013-01-04 20:52:51
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by joy_zuer at 2013-01-04 20:52:51
你需要用什么方法或软件构建？mega行不行？

当然可以，我用的就是这个软件，希望您能帮到我
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
4楼2013-01-05 09:47:18
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cqlsf at 2013-01-04 20:25:24
现有的序列i是段 16s，还是什么？  考虑DNAMAN，ClustalX 试试

是16S序列我用的是MEGA5
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
5楼2013-01-05 09:48:01
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

发给我，我帮你弄一下试一试
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6楼2013-01-05 12:11:42
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luck_cc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang860215: 金币+10, ★有帮助 2013-01-06 18:58:55
先比对，后建树啊，用MEGA就好，上面可以做的
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认真目标，勇往直前
7楼2013-01-05 15:10:24
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
结果不理想，是指那方面不理想，最好能发个你构建发育树的图，这样能分析原因，给予建议。
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8楼2013-01-05 16:15:41
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by elbo at 2013-01-05 16:15:41
结果不理想，是指那方面不理想，最好能发个你构建发育树的图，这样能分析原因，给予建议。

我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497
我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
9楼2013-01-05 17:19:28
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
zhang860215: 金币+60, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:58:38
我是做多样性分析的，以下是我的个人建议，首先你要选择外群，这个外群你可以参考别人相似研究中的菌株，二 构建发育树的时候，所有序列方向要一致，就是你的序列和NCBI序列BLAST的时候，你看具体比对结果 QUery 和Subject 的碱基都是对应的从1 方向开始，如果1对应1000多的碱基位置，那么你得序列方向就反了。如果方向反了，用mega打开那个序列，点击序列名称 然后右键 reverse completment,然后输出就可以了。
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10楼2013-01-05 19:05:27
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