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会飞的青菜妹

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[求助] 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？已有4人参与

已经16S rDNA 测序，然后在NCBI进行比对，但是不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？

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1楼 2014-05-25 21:49:40

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dllchina

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

看NCBI比对结果，如果绝大多数，比如，前一二十个都是一个属的，相似度也很高，原则上，调取本属全部序列画树即可，为了树形稳定，可以加上邻近属的典型种作为外群（outgroup）。
如果是属，就比较麻烦了，建议你先看看推荐的帖子

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2楼2014-05-26 10:21:14

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2楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 10:21:14
看NCBI比对结果，如果绝大多数，比如，前一二十个都是一个属的，相似度也很高，原则上，调取本属全部序列画树即可，为了树形稳定，可以加上邻近属的典型种作为外群（outgroup）。
如果是属，就比较麻烦了，建议你先 ...

如果是属，就比较麻烦,这什么意思，鉴定出来比对，都查的是属啊