24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3882  |  回复: 9

会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

[求助] 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建,选多少? 已有4人参与

已经16S rDNA 测序,然后在NCBI进行比对,但是不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建,选多少?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看NCBI比对结果,如果绝大多数,比如,前一二十个都是一个属的,相似度也很高,原则上,调取本属全部序列画树即可,为了树形稳定,可以加上邻近属的典型种作为外群(outgroup)。
如果是属,就比较麻烦了,建议你先看看推荐的帖子
2楼2014-05-26 10:21:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 10:21:14
看NCBI比对结果,如果绝大多数,比如,前一二十个都是一个属的,相似度也很高,原则上,调取本属全部序列画树即可,为了树形稳定,可以加上邻近属的典型种作为外群(outgroup)。
如果是属,就比较麻烦了,建议你先 ...

如果是属,就比较麻烦,这什么意思,鉴定出来比对,都查的是属啊
3楼2014-05-26 17:18:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 会飞的青菜妹 at 2014-05-26 17:18:31
如果是属,就比较麻烦,这什么意思,鉴定出来比对,都查的是属啊...

意思是离得最近的是不同属的,考虑是新属,画树就稍微麻烦点,不过嘛是相对新种说的

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-05-26 18:31:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-26 18:31:04
意思是离得最近的是不同属的,考虑是新属,画树就稍微麻烦点,不过嘛是相对新种说的
...

奥,谢谢啦
5楼2014-05-27 15:11:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dllchina: 金币+2, 鼓励应助 2014-05-27 18:41:44
在NCBI上的序列质量不高哈,建议去http://www.ezbiocloud.net/ 比对,这上面都是有效序列,会对你选择序列有很大帮助,祝好
但行好事,莫问前程
6楼2014-05-27 16:18:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖


会飞的青菜妹: 金币+1 2014-06-20 13:56:23
补充一句,EZBIOCLOUd列上去的都是发表中,有时候In press分类单元也会列上,比较权威,韩国prof.chun 的chunlab旗下服务器,看NCBI的一个重要性在于看你的竞争对手有多少,现在新种也不是那么容易发了,经常你刚做完,别人发表,你的就无效了
7楼2014-05-27 18:43:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dllchina: 金币+2, 鼓励应助 2014-05-28 16:17:59
会飞的青菜妹: 金币+1 2014-06-20 13:56:13
需要选择标准菌株,请参考数据库LPSN:http://www.bacterio.net/index.html
做一个阳光、开朗的小和尚
8楼2014-05-28 10:03:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

会飞的青菜妹

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 20093651 at 2014-05-27 16:18:58
在NCBI上的序列质量不高哈,建议去http://www.ezbiocloud.net/ 比对,这上面都是有效序列,会对你选择序列有很大帮助,祝好

这个怎么比对啊
9楼2014-06-20 13:58:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Longnil

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我们都是选择18或19个左右就可以
lifeisbeautiful
10楼2015-03-30 16:15:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 会飞的青菜妹 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] (调剂)一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 7/350 2026-04-05 22:31 by dongzh2009
[考研] 求调剂 +11 熊二想上岸 2026-04-04 11/550 2026-04-05 22:21 by 醉翁wl
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +12 路痴小琪 2026-04-05 12/600 2026-04-05 21:50 by 醉翁wl
[考研] 301求调剂 +5 细胞相关蛋白 2026-04-02 9/450 2026-04-05 20:14 by lys0704
[考研] 一志愿生物与医药,296分,求调剂 +9 66鹿 2026-04-03 10/500 2026-04-05 20:11 by lys0704
[考研] 22408 总分320,一篇论文二作,两个国三,求调剂 +3 Leomulufu 2026-04-04 5/250 2026-04-05 19:04 by chongya
[考研] 284求调剂 +7 徐同学_001 2026-04-04 13/650 2026-04-05 17:19 by yulian1987
[考研] 346分的生物与医药08600求调剂 +5 常雨阳上岸 2026-04-05 6/300 2026-04-05 13:42 by imissbao
[考研] 085410人工智能 初试316分 求调剂 +6 残星拂曙 2026-03-31 6/300 2026-04-05 12:15 by rainbow11
[考研] 298求调剂 +7 manman511 2026-04-05 7/350 2026-04-05 10:29 by 唐沐儿
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +11 哇呼哼呼哼 2026-04-01 12/600 2026-04-04 23:17 by 永字号
[考研] 085601,一志愿厦大334复试被刷求调剂 +13 曾仰之 2026-04-03 15/750 2026-04-04 20:13 by dongzh2009
[考研] 求调剂 +3 ffyyu 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:03 by 蓝云思雨
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿大工学硕,求调剂 +4 yub0811 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:36 by 百灵童888
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 13:03 by yulian1987
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 279求调剂 +7 莫xiao 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:05 by 客尔美德
信息提示
请填处理意见