24小时热门版块排行榜    

查看: 2936  |  回复: 13

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树求教,不知道自己做的这个树有没有什么问题

因论文需要,自己制作了一个自筛真菌的系统发育树,请各位大虾看看有没有什么问题。源序列是不是太少了,我只在NCBI网站上找到了大约10个序列,筛选后用了其中的3个。

系统发育树
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

土壤真菌

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuiliuyang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我现在也建系统发育树,想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的?按照什么依据筛选的?
2楼2012-05-13 18:23:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shuiliuyang at 2012-05-13 18:23:09:
我现在也建系统发育树,想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的?按照什么依据筛选的?

我也是随便做的,不知道对不对呢。所以,想请教各位虫友大虾呢。
3楼2012-05-13 18:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
livein合肥: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-16 20:37:40
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢?
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦
4楼2012-05-16 18:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-16 18:43:01:
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢?
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦

stone哥,在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列,其他的序列很多都是克隆菌种,所以没有用。可以用吗?
5楼2012-05-16 20:33:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
livein合肥: 金币+2 2012-05-17 20:58:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by livein合肥 at 2012-05-16 20:33:46:
stone哥,在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列,其他的序列很多都是克隆菌种,所以没有用。可以用吗?

1.建树选用的序列不需要100%同源,功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列,要是没有,就用被孢霉属的种吧
6楼2012-05-17 13:21:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)

楼主,我现在也要构建一个真菌的发育树,完全菜鸟啊,能请教你一下么?我的菌在NCBI理查找序列的话,只有一个属里的两种种,我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种,我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌株的序列,咱真菌可以同属同种么,也要模式菌株的么,如果是同属同种,最后比对的时候发育树应该是确定属的啊,还怎么比对啊就他一个啊?求求了,救救我吧,我已经纠结半个月了。。。。
7楼2013-05-05 15:53:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by yanbi1 at 2013-05-05 15:53:49
楼主,我现在也要构建一个真菌的发育树,完全菜鸟啊,能请教你一下么?我的菌在NCBI理查找序列的话,只有一个属里的两种种,我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种,我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌 ...

我是半路出家,也是一知半解,你可以向6楼请教。
8楼2013-05-05 18:00:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-17 13:21:32
1.建树选用的序列不需要100%同源,功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列,要是没有,就用被孢霉属的种吧...

大侠你好,我现在也要构建一个真菌的发育树,能请教你一下么?我的菌在NCBI理查找序列的话,只有一个属里的两种种,我知道细菌的发育树要求查找不同属种的模式菌株的序列,咱真菌可以同属同种么,也要模式菌株的么,如果是同属同种,最后比对的时候发育树应该是确定属的啊,还怎么比对啊就他一个啊?求求了,救救我吧,我已经纠结半个月了。。。。
9楼2013-05-06 21:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by livein合肥 at 2013-05-05 18:00:41
我是半路出家,也是一知半解,你可以向6楼请教。...

谢谢啦!
10楼2013-05-06 21:47:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 livein合肥 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +7 angus9576 2026-08-25 7/350 2026-08-25 15:50 by Weed114114
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +8 yuleib84 2026-08-25 9/450 2026-08-25 15:23 by Weed114114
[基金申请] 什么时候开奖? +12 CrisMessi 2026-08-18 13/650 2026-08-25 14:40 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见