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moucheng

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树的节点与亲缘关系问题求助

如图,请问HJ-5与AB021198的同源性是怎么看出来的啊!我怎么感觉HJ-5与AJ276351的亲缘性更高啊??请高人指点!谢谢!


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小心点

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-05-23 20:16:19
moucheng(金币+1): 能否举个列子啊? 2011-05-24 10:11:47
呃,同源性是比对出来的吧。进化树上的远近要用尺子量的。
2楼2011-05-23 14:45:37
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billowzeng

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-05-23 20:16:29
moucheng(金币+1): 能否举个列子啊? 2011-05-24 10:12:00
是通过Blast比对确定的吧“测序结果在Blast中进行同源性检索”
3楼2011-05-23 16:32:31
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hnzhaolongfei

木虫 (著名写手)

将军

★ ★
silicare(金币+2): 鼓励发帖交流,欢迎常来生物综合版 2011-05-27 12:12:45
建议用DNAMAN对序列进行亲缘关系计算。HJ-5与AB021198的同源性,和与AJ276351的同源性一下就出来了。
天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物
4楼2011-05-27 06:36:24
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

同源性,用数值表示一般是指序列相似性,你从系统树上面是看不出来的,而且你的系统树的HJ-5那里的支持率很低,才23 上面才26,都是不可信的,不能说谁与谁更近……
5楼2011-05-31 10:46:47
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民

引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-05-31 10:46:47:
同源性,用数值表示一般是指序列相似性,你从系统树上面是看不出来的,而且你的系统树的HJ-5那里的支持率很低,才23 上面才26,都是不可信的,不能说谁与谁更近……

对头
钱要流动,人要走动
6楼2011-05-31 16:12:28
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

作者文字表述说的同源性是NCBI里面Blast出来的,即那个max indent,而进化树出来的那个数字是表示相近的二者同源性的可靠程度,一般要>66才认为可信,判断同种需要95才行。这个进化树本身有问题。但是你的理解也错误了。作者的同源关系的结论是从网络的数据库比对来的,但是这个进化树做得太差了,所以误导了你。。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2012-06-14 10:41:45
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一桶稀泥

木虫 (正式写手)

并不是用构建的这个树得出来的这个结论,是前面说用blast的结果。
我是小女孩,让着我点!!!
8楼2020-02-07 21:35:14
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