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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树求教，不知道自己做的这个树有没有什么问题
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树求教，不知道自己做的这个树有没有什么问题

因论文需要，自己制作了一个自筛真菌的系统发育树，请各位大虾看看有没有什么问题。源序列是不是太少了，我只在NCBI网站上找到了大约10个序列，筛选后用了其中的3个。

系统发育树
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1楼 2012-05-11 18:52:47
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shuiliuyang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我现在也建系统发育树，想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的？按照什么依据筛选的?
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2楼2012-05-13 18:23:09
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shuiliuyang at 2012-05-13 18:23:09:
我现在也建系统发育树，想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的？按照什么依据筛选的?

我也是随便做的，不知道对不对呢。所以，想请教各位虫友大虾呢。
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3楼2012-05-13 18:42:35
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
livein合肥: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-16 20:37:40
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢？
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦
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4楼2012-05-16 18:43:01
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-16 18:43:01:
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢？
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦

stone哥，在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列，其他的序列很多都是克隆菌种，所以没有用。可以用吗？
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5楼2012-05-16 20:33:46
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
livein合肥: 金币+2 2012-05-17 20:58:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by livein合肥 at 2012-05-16 20:33:46:
stone哥，在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列，其他的序列很多都是克隆菌种，所以没有用。可以用吗？

1.建树选用的序列不需要100%同源，功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列，要是没有，就用被孢霉属的种吧
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6楼2012-05-17 13:21:32
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
楼主，我现在也要构建一个真菌的发育树，完全菜鸟啊，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种，我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌株的序列，咱真菌可以同属同种么，也要模式菌株的么，如果是同属同种，最后比对的时候发育树应该是确定属的啊，还怎么比对啊就他一个啊？求求了，救救我吧，我已经纠结半个月了。。。。
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7楼2013-05-05 15:53:49
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livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yanbi1 at 2013-05-05 15:53:49
楼主，我现在也要构建一个真菌的发育树，完全菜鸟啊，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种，我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌 ...

我是半路出家，也是一知半解，你可以向6楼请教。
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8楼2013-05-05 18:00:41
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-17 13:21:32
1.建树选用的序列不需要100%同源，功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列，要是没有，就用被孢霉属的种吧...

大侠你好，我现在也要构建一个真菌的发育树，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我知道细菌的发育树要求查找不同属种的模式菌株的序列，咱真菌可以同属同种么，也要模式菌株的么，如果是同属同种，最后比对的时候发育树应该是确定属的啊，还怎么比对啊就他一个啊？求求了，救救我吧，我已经纠结半个月了。。。。
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9楼2013-05-06 21:47:05
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by livein合肥 at 2013-05-05 18:00:41
我是半路出家，也是一知半解，你可以向6楼请教。...

谢谢啦！
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10楼2013-05-06 21:47:28
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