应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树求教，不知道自己做的这个树有没有什么问题
141/2返回列表12下一页
查看: 2598  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树求教，不知道自己做的这个树有没有什么问题

因论文需要，自己制作了一个自筛真菌的系统发育树，请各位大虾看看有没有什么问题。源序列是不是太少了，我只在NCBI网站上找到了大约10个序列，筛选后用了其中的3个。

系统发育树
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

土壤真菌

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-11 18:52:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuiliuyang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我现在也建系统发育树，想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的？按照什么依据筛选的?
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-13 18:23:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shuiliuyang at 2012-05-13 18:23:09:
我现在也建系统发育树，想请教你从NCBI比对后的10个序列是怎么筛选成3个的？按照什么依据筛选的?

我也是随便做的，不知道对不对呢。所以，想请教各位虫友大虾呢。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-13 18:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
livein合肥: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-16 20:37:40
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢？
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-16 18:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-16 18:43:01:
为什么不把你查到的十个序列一起建树呢？
我觉得你选的序列太少
不过你的结果已经可以说明几个种之间的亲缘关系啦

stone哥，在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列，其他的序列很多都是克隆菌种，所以没有用。可以用吗？
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-16 20:33:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
livein合肥: 金币+2 2012-05-17 20:58:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by livein合肥 at 2012-05-16 20:33:46:
stone哥，在NCBI网站的数据库上我只找到了大约4种100%同源序列，其他的序列很多都是克隆菌种，所以没有用。可以用吗？

1.建树选用的序列不需要100%同源，功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列，要是没有，就用被孢霉属的种吧
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-17 13:21:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)
楼主，我现在也要构建一个真菌的发育树，完全菜鸟啊，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种，我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌株的序列，咱真菌可以同属同种么，也要模式菌株的么，如果是同属同种，最后比对的时候发育树应该是确定属的啊，还怎么比对啊就他一个啊？求求了，救救我吧，我已经纠结半个月了。。。。
赞一下 回复此楼
7楼2013-05-05 15:53:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

livein合肥

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yanbi1 at 2013-05-05 15:53:49
楼主，我现在也要构建一个真菌的发育树，完全菜鸟啊，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我看你的树3个里面也有2个是一个属里的两个种，我知道细菌的发育树要求查找不同属的模式菌 ...

我是半路出家，也是一知半解，你可以向6楼请教。
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-05 18:00:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2012-05-17 13:21:32
1.建树选用的序列不需要100%同源，功能上相关即可
2.可以加几个被孢霉科其他属的序列，要是没有，就用被孢霉属的种吧...

大侠你好，我现在也要构建一个真菌的发育树，能请教你一下么？我的菌在NCBI理查找序列的话，只有一个属里的两种种，我知道细菌的发育树要求查找不同属种的模式菌株的序列，咱真菌可以同属同种么，也要模式菌株的么，如果是同属同种，最后比对的时候发育树应该是确定属的啊，还怎么比对啊就他一个啊？求求了，救救我吧，我已经纠结半个月了。。。。
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-06 21:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanbi1

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by livein合肥 at 2013-05-05 18:00:41
我是半路出家，也是一知半解，你可以向6楼请教。...

谢谢啦！
回复此楼
10楼2013-05-06 21:47:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 livein合肥 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +3 上岸的小葡 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:50 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 304求调剂 +5 小熊joy 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:07 by peike
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学，英一数二305分求调剂，四六级已过 +8 小小番的茄 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:53 by JourneyLucky
[考研] 求调剂！ +4 朔朔话 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:38 by JourneyLucky
[考研] 一志愿郑大070303，338分，求调剂 +4 dadawaf 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:20 by lsw010101
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 材料调剂，307分 +13 张泳铭1 2026-03-09 17/850 2026-03-13 11:09 by 薛云鹏
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
[考研] 一志愿：武汉理工，材料工程，英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭