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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 有关构建细菌发育树的序列问题
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知识无价

金虫 (正式写手)

[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2  CSY-P3  是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊

未命名.gif



[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]
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知识无价

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1楼2013-05-06 10:18:07
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-06 20:54:39
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。
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知识无价
2楼2013-05-06 17:28:09
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知识无价

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

非常感谢你的解答，但我还是不太明白，你说的模式菌株是我的还是我选的序列？怎么知道是不是模式菌株？我测序的菌都是经过纯化获得的单菌落！
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3楼2013-05-06 20:42:58
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知识无价

金虫 (正式写手)
送红花一朵
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2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

还想补充一下，我的这些序列是在NCBI上Blast出来的，怎样知道是不是模式菌株？怎样获得模式菌株？
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4楼2013-05-06 21:20:57
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
知识无价: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你耐心的回答，受益匪浅。 2013-05-07 11:02:13
引用回帖:
4楼: Originally posted by 知识无价 at 2013-05-06 21:20:57
还想补充一下，我的这些序列是在NCBI上Blast出来的，怎样知道是不是模式菌株？怎样获得模式菌株？...

BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌株序列是确定争取的，而Genbank上的都是研究人员提交的，肯定有部分是有错误的。
至于模式菌株，你可以到这里http://147.47.212.35:8080/index.jsp，直接比对你的菌，出来的结果就是模式菌株。或者是，你到http://www.bacterio.cict.fr/  这里挨个搜索你在NCBI中比对出来的那些相似度较高的种属的模式菌株。
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知识无价
5楼2013-05-07 09:23:25
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知识无价

金虫 (正式写手)
送红花一朵
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5楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 09:23:25
BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌 ...

非常感谢
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6楼2013-05-07 16:06:02
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知识无价

金虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 09:23:25
BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌 ...

我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？

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7楼2013-05-09 19:18:01
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wubingqi

木虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 知识无价 at 2013-05-09 19:18:01
我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？

未命名.gif
...

一般来说一个种只有一个模式菌株，如果后来发现了某些亚种，可能会有另外的。
只通过16s 测序，构建系统发育树只是对菌株的分类有个大致的确认，很多情况下只能鉴定到属，而不是种。对菌株的鉴定还需要通过生理生化试验什么的的综合考虑。
另外，仅仅通过测序无法确定是不是新种，新种一般是与目前已经的所有种属的基因相似度在97%以下，另外你还需要购买一些模式菌株，杂交才能最终确认，否则不一定会承认。
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8楼2013-05-10 09:03:19
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知识无价

金虫 (正式写手)
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看起来这个菌种鉴定可真是件麻烦事呢
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9楼2013-05-10 10:53:03
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