应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 有关构建细菌发育树的序列问题
51/1返回列表
查看: 2597  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2  CSY-P3  是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊

未命名.gif



[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知识无价

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
只要留心，处处都是学问！
1楼 2013-05-06 10:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 09:23:25
BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌 ...

非常感谢
回复此楼
只要留心，处处都是学问！
6楼2013-05-07 16:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-06 20:54:39
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知识无价
2楼2013-05-06 17:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

非常感谢你的解答，但我还是不太明白，你说的模式菌株是我的还是我选的序列？怎么知道是不是模式菌株？我测序的菌都是经过纯化获得的单菌落！
赞一下 回复此楼
只要留心，处处都是学问！
3楼2013-05-06 20:42:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

还想补充一下，我的这些序列是在NCBI上Blast出来的，怎样知道是不是模式菌株？怎样获得模式菌株？
赞一下 回复此楼
只要留心，处处都是学问！
4楼2013-05-06 21:20:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-28 23:19 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:45 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:28 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 17:30 by ZYXdhzDAy9ZX
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +7 zju2000 2026-09-26 8/400 2026-09-28 16:42 by beefly
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 15:32 by ZYXdhzDAy9ZX
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭