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有关构建细菌发育树的序列问题
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准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2 CSY-P3 是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊 未命名.gif [ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ] |
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wubingqi
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BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌株序列是确定争取的，而Genbank上的都是研究人员提交的，肯定有部分是有错误的。 至于模式菌株，你可以到这里http://147.47.212.35:8080/index.jsp，直接比对你的菌，出来的结果就是模式菌株。或者是，你到http://www.bacterio.cict.fr/ 这里挨个搜索你在NCBI中比对出来的那些相似度较高的种属的模式菌株。 |
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5楼2013-05-07 09:23:25
6楼2013-05-07 16:06:02
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我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？  未命名.gif |
7楼2013-05-09 19:18:01
wubingqi
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