| 查看: 2199 | 回复: 8 | |||
[求助]
有关构建细菌发育树的序列问题
|
准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2 CSY-P3 是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊 未命名.gif [ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ] |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
知识无价» 猜你喜欢
283求调剂，工科！
已经有8人回复
-
285求调剂
已经有10人回复
-
278求调剂
已经有31人回复
-
08工学 309分求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
296求调剂
已经有6人回复
-
材料复试求调剂
已经有15人回复
-
297求调剂
已经有24人回复
-
计算机类求调剂，22408-274分
已经有6人回复
-
化学工程调剂289
已经有39人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 不同来源的同种细菌血缘关系的鉴定
已经有5人回复
- 细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用
已经有13人回复
- 在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
已经有10人回复
- 大家帮看看我做这个系统发育树是否可用，做法是否正确，谢谢了~~
已经有16人回复
- 求建细菌系统发育树
已经有10人回复
- 建立系统发育树
已经有10人回复
- 这样还有必要建系统发育树吗？
已经有10人回复
- 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支
已经有10人回复
- 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
已经有15人回复
- 如何鉴定一个新分离纯化获得的菌株的分类地位？
已经有13人回复
- 微生物多样性研究的几个问题
已经有10人回复
- 请问构建系统发育树 比对菌株的选择原则
已经有3人回复
- 想讨教下有关测序的一些问题。
已经有11人回复
- 关于生物进化发育树之类的分析
已经有9人回复
- 怎样建立基因文库，以及用它建立生物发育树
已经有9人回复
- 【求助/交流】怎么在ncbi上查询细菌的16s rDNA的全序列？
已经有3人回复
- 【求助/交流】16sRNA怎么提取？以及相关名词不太懂。求助！
已经有16人回复
- 【求助/交流】如何构建系统更发育树
已经有16人回复
- 【求助/交流】测单个或多个细菌的序列包含PCR测定多少钱？
已经有4人回复
- 【分享】《分子进化与系统发育》【已搜索无重复】
已经有9人回复
wubingqi
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 79 (初中生)
- 金币: 5264.9
- 散金: 10
- 红花: 15
- 帖子: 242
- 在线: 514.8小时
- 虫号: 1049797
- 注册: 2010-06-30
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
2楼2013-05-06 17:28:09
3楼2013-05-06 20:42:58
4楼2013-05-06 21:20:57
wubingqi
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 79 (初中生)
- 金币: 5264.9
- 散金: 10
- 红花: 15
- 帖子: 242
- 在线: 514.8小时
- 虫号: 1049797
- 注册: 2010-06-30
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
知识无价: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你耐心的回答，受益匪浅。 2013-05-07 11:02:13
知识无价: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你耐心的回答，受益匪浅。 2013-05-07 11:02:13
|
BLAST出来的，是有那些细菌和你的细菌序列相似，然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高（我一般所有相似度在99%的）模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是，模式菌株序列是确定争取的，而Genbank上的都是研究人员提交的，肯定有部分是有错误的。 至于模式菌株，你可以到这里http://147.47.212.35:8080/index.jsp，直接比对你的菌，出来的结果就是模式菌株。或者是，你到http://www.bacterio.cict.fr/ 这里挨个搜索你在NCBI中比对出来的那些相似度较高的种属的模式菌株。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2013-05-07 09:23:25
6楼2013-05-07 16:06:02
|
我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？  未命名.gif |
7楼2013-05-09 19:18:01
wubingqi
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 79 (初中生)
- 金币: 5264.9
- 散金: 10
- 红花: 15
- 帖子: 242
- 在线: 514.8小时
- 虫号: 1049797
- 注册: 2010-06-30
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
8楼2013-05-10 09:03:19
9楼2013-05-10 10:53:03
