应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 有关构建细菌发育树的序列问题
51/1返回列表
查看: 2504  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2  CSY-P3  是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊

未命名.gif



[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知识无价

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
只要留心，处处都是学问！
1楼 2013-05-06 10:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 知识无价 at 2013-05-09 19:18:01
我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？

未命名.gif
...

一般来说一个种只有一个模式菌株，如果后来发现了某些亚种，可能会有另外的。
只通过16s 测序，构建系统发育树只是对菌株的分类有个大致的确认，很多情况下只能鉴定到属，而不是种。对菌株的鉴定还需要通过生理生化试验什么的的综合考虑。
另外，仅仅通过测序无法确定是不是新种，新种一般是与目前已经的所有种属的基因相似度在97%以下，另外你还需要购买一些模式菌株，杂交才能最终确认，否则不一定会承认。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2013-05-10 09:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-06 20:54:39
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知识无价
2楼2013-05-06 17:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

非常感谢你的解答，但我还是不太明白，你说的模式菌株是我的还是我选的序列？怎么知道是不是模式菌株？我测序的菌都是经过纯化获得的单菌落！
赞一下 回复此楼
只要留心，处处都是学问！
3楼2013-05-06 20:42:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起，但是我建议你选择模式菌株来建树，不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上，难以解释。这个树外群没有什么问题。

还想补充一下，我的这些序列是在NCBI上Blast出来的，怎样知道是不是模式菌株？怎样获得模式菌株？
赞一下 回复此楼
只要留心，处处都是学问！
4楼2013-05-06 21:20:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +4 ziyangfang 2026-08-19 5/250 2026-08-19 11:19 by ziyangfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +8 启萌科技 2026-08-12 30/1500 2026-08-19 10:22 by 启萌科技
[基金申请] 今天放榜吗？ +11 布布和一二 2026-08-19 11/550 2026-08-19 10:06 by xter9665
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 114/5700 2026-08-19 09:38 by 医学老男孩
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭