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知识无价

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[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文，请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列？三四个目的菌能不能建到同一个树上？下面的图是建的树，CSY-P1 CSY-P2 CSY-P3 是我的目的菌，麻烦大家看看有没有啥问题，外围枝选的行不行？选这些序列少不少啊

未命名.gif

[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]

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只要留心，处处都是学问！

1楼 2013-05-06 10:18:07

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wubingqi

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引用回帖:

7楼: Originally posted by 知识无价 at 2013-05-09 19:18:01
我还想问一下，每个种的模式菌株是不是就只有一个啊？我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的，另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题？我的这两株菌是一个新的种吗？

未命名.gif
...

一般来说一个种只有一个模式菌株，如果后来发现了某些亚种，可能会有另外的。
只通过16s 测序，构建系统发育树只是对菌株的分类有个大致的确认，很多情况下只能鉴定到属，而不是种。对菌株的鉴定还需要通过生理生化试验什么的的综合考虑。
另外，仅仅通过测序无法确定是不是新种，新种一般是与目前已经的所有种属的基因相似度在97%以下，另外你还需要购买一些模式菌株，杂交才能最终确认，否则不一定会承认。