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知识无价

金虫 (正式写手)

[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文,请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列?三四个目的菌能不能建到同一个树上?下面的图是建的树,CSY-P1 CSY-P2  CSY-P3  是我的目的菌,麻烦大家看看有没有啥问题,外围枝选的行不行?选这些序列少不少啊

未命名.gif



[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]
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知识无价

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 09:23:25
BLAST出来的,是有那些细菌和你的细菌序列相似,然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高(我一般所有相似度在99%的)模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是,模式菌 ...

我还想问一下,每个种的模式菌株是不是就只有一个啊?我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的,另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题?我的这两株菌是一个新的种吗?

未命名.gif

只要留心,处处都是学问!
7楼2013-05-09 19:18:01
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查看全部 9 个回答

wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-06 20:54:39
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

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2楼2013-05-06 17:28:09
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知识无价

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

非常感谢你的解答,但我还是不太明白,你说的模式菌株是我的还是我选的序列?怎么知道是不是模式菌株?我测序的菌都是经过纯化获得的单菌落!
只要留心,处处都是学问!
3楼2013-05-06 20:42:58
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知识无价

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

还想补充一下,我的这些序列是在NCBI上Blast出来的,怎样知道是不是模式菌株?怎样获得模式菌株?
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4楼2013-05-06 21:20:57
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