24小时热门版块排行榜    

查看: 2499  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

[求助] 有关构建细菌发育树的序列问题

准备写论文,请教大家构建细菌发育树一般要选多少个序列?三四个目的菌能不能建到同一个树上?下面的图是建的树,CSY-P1 CSY-P2  CSY-P3  是我的目的菌,麻烦大家看看有没有啥问题,外围枝选的行不行?选这些序列少不少啊

未命名.gif



[ Last edited by 知识无价 on 2013-5-6 at 10:37 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

只要留心,处处都是学问!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 09:23:25
BLAST出来的,是有那些细菌和你的细菌序列相似,然后你需要找到结果中所有不同种属的但是相似度较高(我一般所有相似度在99%的)模式菌株。然后用这些模式菌株和你的测序的菌株构建发育树。这样做的目的是,模式菌 ...

我还想问一下,每个种的模式菌株是不是就只有一个啊?我在这个网站上http://www.bacterio.cict.fr/找的,另一个网站打不开。麻烦再帮忙看一下这个树有没有什么问题?我的这两株菌是一个新的种吗?

未命名.gif

只要留心,处处都是学问!
7楼2013-05-09 19:18:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-06 20:54:39
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-05-06 17:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

非常感谢你的解答,但我还是不太明白,你说的模式菌株是我的还是我选的序列?怎么知道是不是模式菌株?我测序的菌都是经过纯化获得的单菌落!
只要留心,处处都是学问!
3楼2013-05-06 20:42:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知识无价

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-06 17:28:09
可以建在一起,但是我建议你选择模式菌株来建树,不然你上面一些同种的菌株居然不在一个分支上,难以解释。这个树外群没有什么问题。

还想补充一下,我的这些序列是在NCBI上Blast出来的,怎样知道是不是模式菌株?怎样获得模式菌株?
只要留心,处处都是学问!
4楼2013-05-06 21:20:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 朋友圈看到的 +5 wangzilk 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:05 by luw152
[基金申请] 不应该看fileCode +8 且听虎啸 2026-08-12 10/500 2026-08-19 08:03 by luw152
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 113/5650 2026-08-19 07:58 by 医学老男孩
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
信息提示
请填处理意见