| 查看: 1978 | 回复: 10 | ||
yapingchen金虫 (正式写手)
|
[求助]
这样还有必要建系统发育树吗？
|
|
| 请大侠赐教：我有一株细菌，通过生理生化及16srDNA序列及PCR扩增后，已鉴定出是解淀粉芽孢杆菌，NCBI中进行序列同源性比对后，有很多同源性100%的序列，请问还有构建系统发育树的必要吗？ 如果要的话，就16srDNA序列，还需要什么条件？ |
回复此楼» 猜你喜欢
273农学求调剂
已经有0人回复
-
一志愿上海海洋大学083200,303分求调剂
已经有0人回复
-
食品科学论文润色/翻译怎么收费?
已经有163人回复
-
食品科学调剂交流
已经有0人回复
-
食品学硕362求调剂
已经有3人回复
-
一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业
已经有10人回复
-
食品调剂08考数学可调
已经有0人回复
-
食品工程调剂
已经有2人回复
-
09，食品与营养272求调剂
已经有0人回复
-
一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支
已经有10人回复
- 菜鸟求助——我系统发育树构建不出来——构建出来的怎么是这样的
已经有15人回复
- 系统发育树如何分析，得出结论？
已经有13人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- 系统发育树建不出来，求助帮忙建一下！大侠们帮帮忙啊。。。
已经有8人回复
- 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
已经有34人回复
- 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树
已经有9人回复
- 真菌种属鉴定 系统发育树构建
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何构建系统更发育树
已经有16人回复
- 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树
已经有8人回复
- 【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？
已经有22人回复
- 请教：系统发育树怎么做？
已经有14人回复
cgspider
木虫 (正式写手)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 2264.9
- 散金: 23
- 红花: 3
- 帖子: 495
- 在线: 286.9小时
- 虫号: 1490494
- 注册: 2011-11-14
- 性别: GG
- 专业: 食品科学基础
2楼2012-03-14 09:56:03
doukezhiwu
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3198.8
- 散金: 526
- 红花: 8
- 帖子: 1512
- 在线: 126.2小时
- 虫号: 1164050
- 注册: 2010-12-06
- 专业: 微生物资源与分类学
4楼2012-03-19 22:13:14
★
hsd3521: 金币+1, 鼓励交流，欢迎常来食品版 2012-06-14 18:17:54
hsd3521: 金币+1, 鼓励交流，欢迎常来食品版 2012-06-14 18:17:54
| 当然要做，进化树在一方面来说：可以帮助你判断不同序列的同源性，还可以看出进化地位。但更重要的是，你发文章或者写毕业论文必能只用一句话这些的同源性是100%，而要更直观地表达结果，最好的办法就是做进化树了，而且正如上面所说的，即使同源性100%，也未必表示你的菌株与其他的就处于同一个进化地位，因为测序过程中往往都会出现几个碱基的错误。16S 比较保守，做这个就够了。如果你的这个菌株有什么亚基能够产蛋白之类的，你可以再做一个亚基基因的进化树，以及蛋白质的进化树，原理都一样，顺便要把NCBI里面的同源性列一个表，因为同源性高，不一定表示进化关系接近。这二者不是一回事，特别是同源性不在95%以上时更是如此。如果亚基基因、蛋白质等的同源性及进化树都与你的16S相似，就可以说明问题了。 |
10楼2012-06-14 10:08:41
yapingchen
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 661.8
- 散金: 23
- 红花: 1
- 帖子: 533
- 在线: 68小时
- 虫号: 449812
- 注册: 2007-11-02
- 专业: 食品科学基础
3楼2012-03-19 21:42:23
yapingchen
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 661.8
- 散金: 23
- 红花: 1
- 帖子: 533
- 在线: 68小时
- 虫号: 449812
- 注册: 2007-11-02
- 专业: 食品科学基础
5楼2012-03-20 11:17:12
doukezhiwu
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3198.8
- 散金: 526
- 红花: 8
- 帖子: 1512
- 在线: 126.2小时
- 虫号: 1164050
- 注册: 2010-12-06
- 专业: 微生物资源与分类学
6楼2012-03-21 18:21:15
yapingchen
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 661.8
- 散金: 23
- 红花: 1
- 帖子: 533
- 在线: 68小时
- 虫号: 449812
- 注册: 2007-11-02
- 专业: 食品科学基础
7楼2012-03-21 19:49:30
8楼2012-04-04 15:55:36
yapingchen
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 661.8
- 散金: 23
- 红花: 1
- 帖子: 533
- 在线: 68小时
- 虫号: 449812
- 注册: 2007-11-02
- 专业: 食品科学基础
9楼2012-04-25 09:13:20
