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yapingchen

金虫 (正式写手)

[求助] 这样还有必要建系统发育树吗?

请大侠赐教:我有一株细菌,通过生理生化及16srDNA序列及PCR扩增后,已鉴定出是解淀粉芽孢杆菌,NCBI中进行序列同源性比对后,有很多同源性100%的序列,请问还有构建系统发育树的必要吗? 如果要的话,就16srDNA序列,还需要什么条件?
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cgspider

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yapingchen(金币+5): ★★★很有帮助 2012-03-14 21:58:21
sweety: 回帖置顶 2012-03-18 09:47:38
不是非必要,不过要是做的话,需要解淀粉芽孢杆菌标准菌株系列,还有你BLAST后同属的相似性高的菌株选几种,然后做系统树,如果跟标准菌株的遗传距离是100%的话,那就是解淀粉芽孢杆菌了。

我表达清楚了不?
你的能力撑不起你的野心
2楼2012-03-14 09:56:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

doukezhiwu

木虫 (著名写手)

如果要鉴定,那就得作进化树,进行序列比对,算出同源性,说明一下,或把进化树摆出来,读者才知道和哪株菌亲缘关系近。
4楼2012-03-19 22:13:14
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416114799

至尊木虫 (知名作家)


hsd3521: 金币+1, 鼓励交流,欢迎常来食品版 2012-06-14 18:17:54
当然要做,进化树在一方面来说:可以帮助你判断不同序列的同源性,还可以看出进化地位。但更重要的是,你发文章或者写毕业论文必能只用一句话这些的同源性是100%,而要更直观地表达结果,最好的办法就是做进化树了,而且正如上面所说的,即使同源性100%,也未必表示你的菌株与其他的就处于同一个进化地位,因为测序过程中往往都会出现几个碱基的错误。16S 比较保守,做这个就够了。如果你的这个菌株有什么亚基能够产蛋白之类的,你可以再做一个亚基基因的进化树,以及蛋白质的进化树,原理都一样,顺便要把NCBI里面的同源性列一个表,因为同源性高,不一定表示进化关系接近。这二者不是一回事,特别是同源性不在95%以上时更是如此。如果亚基基因、蛋白质等的同源性及进化树都与你的16S相似,就可以说明问题了。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
10楼2012-06-14 10:08:41
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普通回帖

yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cgspider at 2012-03-14 09:56:03:
不是非必要,不过要是做的话,需要解淀粉芽孢杆菌标准菌株系列,还有你BLAST后同属的相似性高的菌株选几种,然后做系统树,如果跟标准菌株的遗传距离是100%的话,那就是解淀粉芽孢杆菌了。

我表达清楚了不?:s ...

同源性都是100%的这么办?100%意味着碱基序列都一样的,对吧?
3楼2012-03-19 21:42:23
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yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by doukezhiwu at 2012-03-19 22:13:14:
如果要鉴定,那就得作进化树,进行序列比对,算出同源性,说明一下,或把进化树摆出来,读者才知道和哪株菌亲缘关系近。

抑菌知道是解淀粉了,而且同源性搜索后有好多100%同源,这样做发育树怎么做?
5楼2012-03-20 11:17:12
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doukezhiwu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yapingchen at 2012-03-20 11:17:12:
抑菌知道是解淀粉了,而且同源性搜索后有好多100%同源,这样做发育树怎么做?

个人认为也要作,事实摆出来,读者自然明白,只需你简单说明即可。
6楼2012-03-21 18:21:15
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yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by doukezhiwu at 2012-03-21 18:21:15:
个人认为也要作,事实摆出来,读者自然明白,只需你简单说明即可。

哦,好的,谢谢!
7楼2012-03-21 19:49:30
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少夫人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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yapingchen: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-25 09:13:01
发育树还是要做的,即使有好几个同源性一样,这样读者看着明白,也有科学性。
8楼2012-04-04 15:55:36
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yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 少夫人 at 2012-04-04 15:55:36:
发育树还是要做的,即使有好几个同源性一样,这样读者看着明白,也有科学性。

谢谢你的回答!
9楼2012-04-25 09:13:20
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