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yapingchen

金虫 (正式写手)

[求助] 这样还有必要建系统发育树吗?

请大侠赐教:我有一株细菌,通过生理生化及16srDNA序列及PCR扩增后,已鉴定出是解淀粉芽孢杆菌,NCBI中进行序列同源性比对后,有很多同源性100%的序列,请问还有构建系统发育树的必要吗? 如果要的话,就16srDNA序列,还需要什么条件?
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yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by doukezhiwu at 2012-03-19 22:13:14:
如果要鉴定,那就得作进化树,进行序列比对,算出同源性,说明一下,或把进化树摆出来,读者才知道和哪株菌亲缘关系近。

抑菌知道是解淀粉了,而且同源性搜索后有好多100%同源,这样做发育树怎么做?
5楼2012-03-20 11:17:12
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cgspider

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yapingchen(金币+5): ★★★很有帮助 2012-03-14 21:58:21
sweety: 回帖置顶 2012-03-18 09:47:38
不是非必要,不过要是做的话,需要解淀粉芽孢杆菌标准菌株系列,还有你BLAST后同属的相似性高的菌株选几种,然后做系统树,如果跟标准菌株的遗传距离是100%的话,那就是解淀粉芽孢杆菌了。

我表达清楚了不?
你的能力撑不起你的野心
2楼2012-03-14 09:56:03
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yapingchen

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cgspider at 2012-03-14 09:56:03:
不是非必要,不过要是做的话,需要解淀粉芽孢杆菌标准菌株系列,还有你BLAST后同属的相似性高的菌株选几种,然后做系统树,如果跟标准菌株的遗传距离是100%的话,那就是解淀粉芽孢杆菌了。

我表达清楚了不?:s ...

同源性都是100%的这么办?100%意味着碱基序列都一样的,对吧?
3楼2012-03-19 21:42:23
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doukezhiwu

木虫 (著名写手)

如果要鉴定,那就得作进化树,进行序列比对,算出同源性,说明一下,或把进化树摆出来,读者才知道和哪株菌亲缘关系近。
4楼2012-03-19 22:13:14
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