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yapingchen金虫 (正式写手)
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这样还有必要建系统发育树吗？
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| 请大侠赐教：我有一株细菌，通过生理生化及16srDNA序列及PCR扩增后，已鉴定出是解淀粉芽孢杆菌，NCBI中进行序列同源性比对后，有很多同源性100%的序列，请问还有构建系统发育树的必要吗？ 如果要的话，就16srDNA序列，还需要什么条件？ |
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4楼2012-03-19 22:13:14
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| 当然要做，进化树在一方面来说：可以帮助你判断不同序列的同源性，还可以看出进化地位。但更重要的是，你发文章或者写毕业论文必能只用一句话这些的同源性是100%，而要更直观地表达结果，最好的办法就是做进化树了，而且正如上面所说的，即使同源性100%，也未必表示你的菌株与其他的就处于同一个进化地位，因为测序过程中往往都会出现几个碱基的错误。16S 比较保守，做这个就够了。如果你的这个菌株有什么亚基能够产蛋白之类的，你可以再做一个亚基基因的进化树，以及蛋白质的进化树，原理都一样，顺便要把NCBI里面的同源性列一个表，因为同源性高，不一定表示进化关系接近。这二者不是一回事，特别是同源性不在95%以上时更是如此。如果亚基基因、蛋白质等的同源性及进化树都与你的16S相似，就可以说明问题了。 |
10楼2012-06-14 10:08:41
cgspider
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