| 查看: 2723 | 回复: 10 | ||
[求助]
在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
|
|
在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢， 最近测序得到了一系列序列，想做系统发育树分析，就从genbank上下载了与测序序列相似度大于98%的序列，然后clustalX，然后用mega分析，做出来的进化树很多节点的分值小于50，请问是不是我从genbank上下载的序列不合适啊，大家都是如何选择的呢，急寻高手解惑啊。l 另外在系统树上通常会分成几大类，请问在分的时候，有什么规则吗？、 各位大哥大姐帮帮忙 |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂
已经有11人回复
-
华南理工0703化学，总分336求调剂
已经有8人回复
-
301求调剂
已经有7人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有12人回复
-
一志愿武汉理工大学080200机械工程308分，求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有6人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
生物学求调剂
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有3人回复
-
319分085702安全工程求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 系统树如何分析
已经有9人回复
- 测序结果不好的序列能够做系统发育树吗？
已经有7人回复
- 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？
已经有9人回复
- 已经用CLustalX软件比对完同源序列，怎么用MEGA软件做进化树
已经有4人回复
- 求助 通过CLUSTAL软件进行多序列比对，利用MEGA4.0软件构建系统发育树
已经有12人回复
- 做进化树使用完整的DNA序列，还是一个片段？
已经有6人回复
- DGGE序列建系统发育树原序列和比对序列分离
已经有8人回复
- 求助关于向Genbank提交序列的大小以及时间点等
已经有3人回复
- 求助——genbank基因组序列的查询
已经有4人回复
- 微生物的系统发育树绘制方法
已经有6人回复
- 可以分享的标准菌株
已经有4人回复
- 如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位
已经有6人回复
- 有关构建细菌发育树的序列问题
已经有8人回复
- 系统发育树做出来怪怪的。。。
已经有10人回复
- 26s rDNA系统发育树的构建
已经有7人回复
- 系统发育树的建立和分析
已经有15人回复
- 系统发育树bootsrap
已经有8人回复
- 系统发育树 值都低于70%，求助
已经有11人回复
- 向GENBANK提交的序列能随后修改吗？
已经有5人回复
- 【求助/交流】求助：如何能在genbank中快速批量下载序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】请教clustal 多重序列比对出现的问题
已经有5人回复
2楼2012-11-16 15:58:44
 |
3楼2012-11-16 16:41:39
kingleo99
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 2102.3
- 散金: 31
- 红花: 22
- 帖子: 257
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 530489
- 注册: 2008-03-21
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
TloveG: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-16 17:01:31
感谢参与，应助指数 +1
TloveG: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-16 17:01:31
| 使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你只测序一个反应也就是只有750左右，而genbank中序列是1500bp那么这个会影响你的bootsrtap值（也叫自展值）。系统发育树上分类没有定式，关键是看你是什么类群比如细菌一般就是那些常见的大类群如变形菌门（5个亚纲）这些亚纲还往往不在一个大分枝中，再就是放线菌门，拟杆菌门，厚壁菌门等等这些分类有一些技巧如果需要你可以参考这个帖子“关于16S rRNA基因克隆文库分析环境中微生物多样性 ”http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3590809。里面有各种例子如序列比对，构建进化树，序列提交，进化树中类群的分类等等你照着做就可以了。祝你好运！ |
TloveG
4楼2012-11-16 16:47:41
5楼2012-11-16 17:07:33
6楼2012-11-16 17:07:41
7楼2012-11-16 17:18:02
kingleo99
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 2102.3
- 散金: 31
- 红花: 22
- 帖子: 257
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 530489
- 注册: 2008-03-21
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
8楼2012-11-16 20:15:42
9楼2012-11-19 10:15:26
kingleo99
木虫 (小有名气)
- MicEPI: 1
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 2102.3
- 散金: 31
- 红花: 22
- 帖子: 257
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 530489
- 注册: 2008-03-21
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
10楼2012-11-19 13:30:22
