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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
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铜虫 (小有名气)

[求助] 在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢

在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢，
最近测序得到了一系列序列，想做系统发育树分析，就从genbank上下载了与测序序列相似度大于98%的序列，然后clustalX，然后用mega分析，做出来的进化树很多节点的分值小于50，请问是不是我从genbank上下载的序列不合适啊，大家都是如何选择的呢，急寻高手解惑啊。l
另外在系统树上通常会分成几大类，请问在分的时候，有什么规则吗？、

各位大哥大姐帮帮忙
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1楼2012-11-16 14:29:31
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铜虫 (小有名气)
自己顶顶
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2楼2012-11-16 15:58:44
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铜虫 (小有名气)
3楼2012-11-16 16:41:39
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
TloveG: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-16 17:01:31
使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你只测序一个反应也就是只有750左右，而genbank中序列是1500bp那么这个会影响你的bootsrtap值（也叫自展值）。系统发育树上分类没有定式，关键是看你是什么类群比如细菌一般就是那些常见的大类群如变形菌门（5个亚纲）这些亚纲还往往不在一个大分枝中，再就是放线菌门，拟杆菌门，厚壁菌门等等这些分类有一些技巧如果需要你可以参考这个帖子“关于16S rRNA基因克隆文库分析环境中微生物多样性 ”http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3590809。里面有各种例子如序列比对，构建进化树，序列提交，进化树中类群的分类等等你照着做就可以了。祝你好运！
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
4楼2012-11-16 16:47:41
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铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-11-16 16:47:41
使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你 ...

十分感谢你的帮助，这里还有一个问题，我的测序序列长度为550bp,我用clustalX进行了比对，去掉了标准序列的两端，做出进化树还是有的值小于50，这种情况是不是说明我下载的标准序列不合适啊
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5楼2012-11-16 17:07:33
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铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-11-16 16:47:41
使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你 ...

十分感谢你的帮助，这里还有一个问题，我的测序序列长度为550bp,我用clustalX进行了比对，去掉了标准序列的两端，做出进化树还是有的值小于50，这种情况是不是说明我下载的标准序列不合适啊
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6楼2012-11-16 17:07:41
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铜虫 (小有名气)
还有下载的序列与我的序列相似度必须大于97%吗？
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7楼2012-11-16 17:18:02
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kingleo99

木虫 (小有名气)
一般我们选择的标准序列都在97%以上，如果想要你的序列的自展值较高，可以将一些不必要的分支删除掉，比如你选择了三个大于97%的标准菌株序列结果你的序列和其中一个聚为一支而其他两株各自聚为一支那么就可以将其中最远的哪支子上的序列去掉这样自展值就会高，或者将两株都去掉自展值就高了。一般在最外的分支（也就是树的根部）自展值都很低基本低于50%，这个很正常不必介怀，国际上文章都是这样子的。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
8楼2012-11-16 20:15:42
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铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-11-16 20:15:42
一般我们选择的标准序列都在97%以上，如果想要你的序列的自展值较高，可以将一些不必要的分支删除掉，比如你选择了三个大于97%的标准菌株序列结果你的序列和其中一个聚为一支而其他两株各自聚为一支那么就可以将其中 ...

还想问一下，进化树上的所有从genbank上下载下来的序列都必须是与其中一个测序所的序列的相似度大于97%吗？除了outgroup外，可不可以放上一些与测序所的序列关系稍远点的（在进化树上自成一支，文章需要，想说明一下与测序的序列的一个进化关系）
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9楼2012-11-19 10:15:26
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kingleo99

木虫 (小有名气)
，一般进化树上可以反映你的序列具体分类归属问题，这个就需要你下载97%以上的序列，如果想要说明他们的进化距离与你的菌株之间关系你可以下载一些你的这个菌相似性较高非同属的菌株
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
10楼2012-11-19 13:30:22
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