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在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
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在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢， 最近测序得到了一系列序列，想做系统发育树分析，就从genbank上下载了与测序序列相似度大于98%的序列，然后clustalX，然后用mega分析，做出来的进化树很多节点的分值小于50，请问是不是我从genbank上下载的序列不合适啊，大家都是如何选择的呢，急寻高手解惑啊。l 另外在系统树上通常会分成几大类，请问在分的时候，有什么规则吗？、 各位大哥大姐帮帮忙 |
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kingleo99
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8楼2012-11-16 20:15:42
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| 使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你只测序一个反应也就是只有750左右，而genbank中序列是1500bp那么这个会影响你的bootsrtap值（也叫自展值）。系统发育树上分类没有定式，关键是看你是什么类群比如细菌一般就是那些常见的大类群如变形菌门（5个亚纲）这些亚纲还往往不在一个大分枝中，再就是放线菌门，拟杆菌门，厚壁菌门等等这些分类有一些技巧如果需要你可以参考这个帖子“关于16S rRNA基因克隆文库分析环境中微生物多样性 ”http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3590809。里面有各种例子如序列比对，构建进化树，序列提交，进化树中类群的分类等等你照着做就可以了。祝你好运！ |
4楼2012-11-16 16:47:41
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