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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助 通过CLUSTAL软件进行多序列比对，利用MEGA4.0软件构建系统发育树
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格桑花海

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 通过CLUSTAL软件进行多序列比对，利用MEGA4.0软件构建系统发育树已有2人参与

本人本科生一枚，马上毕业，正在做毕业论文，做的是一株生防芽孢杆菌的鉴定，用的是16S rDNA及gyrA基因，现序列已经测序完毕，但由于本人实力有限，求助各位帮助做个系统发育树！序列以传附件。
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李海滨
1楼2014-04-29 17:12:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

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格桑花海: 金币+55, ★★★★★最佳答案, 很有帮助 2014-04-30 19:42:47
引用回帖:
4楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-30 11:58:00
你这个就给我两条序列让我如何做比对，起码得有参考序列才行啊，我不是你们微生物方向的，不知道这个参考序列需要怎么选择。...

我刚才建树分析了一下，你那个gyrA是可以鉴定出种类的，但是16S你做的那个微生物16S很保守，NCBI BLAST的时候和好几个种的匹配度很高，建树结果是分不开的，你告诉我邮箱，我把进化树传给你，另外，你那个枝端命名有什么要求，你告诉我，我在帮你把进化树优化一下。
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格桑花海
7楼2014-04-30 13:56:03
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格桑花海

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
10楼: Originally posted by 20093651 at 2014-04-30 15:59:59
你应该将你的测序结果拿到genbank里面去比对，找到同源序列，再进行clustal分析以及用mega画树

那你能帮忙弄一下吗？

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李海滨
11楼2014-04-30 19:32:55
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
附件在哪里呢？用什么方法做呢？
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2楼2014-04-29 19:16:53
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格桑花海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-29 19:16:53
附件在哪里呢？用什么方法做呢？

附件是已经测好的DNA序列，就是用CLUSTAL软件进行多序列比对，利用MEGA4.0软件构建系统发育树，谢谢！
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  • 附件 1 : 16SrDNA序列.txt
    • 2014-04-30 10:38:51, 1.5 K
  • 附件 2 : gyrA.txt
    • 2014-04-30 10:38:54, 1.11 K
李海滨
3楼2014-04-30 10:40:10
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 格桑花海 at 2014-04-30 10:40:10
附件是已经测好的DNA序列，就是用CLUSTAL软件进行多序列比对，利用MEGA4.0软件构建系统发育树，谢谢！...

你这个就给我两条序列让我如何做比对，起码得有参考序列才行啊，我不是你们微生物方向的，不知道这个参考序列需要怎么选择。
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格桑花海
4楼2014-04-30 11:58:00
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格桑花海

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-30 11:58:00
你这个就给我两条序列让我如何做比对，起码得有参考序列才行啊，我不是你们微生物方向的，不知道这个参考序列需要怎么选择。...

我们老师说好像得先做NCBI对比

[ 发自小木虫客户端 ]
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李海滨
5楼2014-04-30 12:05:30
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 格桑花海 at 2014-04-30 12:05:30
我们老师说好像得先做NCBI对比
...

这样，你提供给我邮箱，我明天做好给你，最快~
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格桑花海
6楼2014-04-30 13:12:24
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格桑花海

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
7楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-30 13:56:03
我刚才建树分析了一下，你那个gyrA是可以鉴定出种类的，但是16S你做的那个微生物16S很保守，NCBI BLAST的时候和好几个种的匹配度很高，建树结果是分不开的，你告诉我邮箱，我把进化树传给你，另外，你那个枝端命名 ...

很是感谢，我的邮箱是18731883963@163.com,那个枝端命名,老师没说有啥要求。
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李海滨
8楼2014-04-30 14:04:49
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格桑花海

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-30 13:12:24
这样，你提供给我邮箱，我明天做好给你，最快~...

非常谢谢，我的邮箱是18731883963@163.com
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李海滨
9楼2014-04-30 14:05:50
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你应该将你的测序结果拿到genbank里面去比对，找到同源序列，再进行clustal分析以及用mega画树
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格桑花海
但行好事，莫问前程
10楼2014-04-30 15:59:59
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