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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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行走的浪漫

新虫 (初入文坛)

[求助] MEGA 5.0建MP树

鄙人在用MEGA 5.0 建中药檀香的MP树,参数用的是临近互换算法,分支的支持率相当低,有的只有1,哪怕是同一个种的序列,已经用clustal x和bioedit 比对和校正过,因为不会用PAUP,还是想用MEGA,求赐教,在此先谢过各位大神。虽然金币少了点,希望有好心人救救我吧。
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的序列是同样长短的吗?
不是很明白你所说的临近互换算法,英文是什么?
一般bootstrap值低的原因是序列相似度太高。
2楼2013-04-07 06:58:09
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小杨蓓

新虫 (小有名气)

3楼2013-04-07 13:00:56
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行走的浪漫

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-07 06:58:09
你的序列是同样长短的吗?
不是很明白你所说的临近互换算法,英文是什么?
一般bootstrap值低的原因是序列相似度太高。

就是CNI,为什么是bootstrap值低是因为相似度太高?
4楼2013-04-07 22:42:14
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
行走的浪漫: 金币+3, ★★★很有帮助, 虽然还不是很明白,但还是先谢谢,因为我有几个很相似的序列聚在一起的时候只有1%或者2%,这我就不明白了 2013-04-08 20:30:33
引用回帖:
4楼: Originally posted by 行走的浪漫 at 2013-04-07 22:42:14
就是CNI,为什么是bootstrap值低是因为相似度太高?...

比如3个序列
AAAAA
AAAAT
AAATA
不考虑编码的话,序列1和2,3的进化距离是一样的,那bootstrap的值可以预计在50%左右
如果
AAAAA
AAAAT
AAATT
序列1和2更接近,那bootstrap value就可能高些
同理可推
5楼2013-04-08 05:56:27
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yitiandeng

木虫 (著名写手)

BP跟相似度有关系?
6楼2013-05-10 11:02:09
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