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行走的浪漫

新虫 (初入文坛)

[求助] MEGA 5.0建MP树

鄙人在用MEGA 5.0 建中药檀香的MP树，参数用的是临近互换算法，分支的支持率相当低，有的只有1，哪怕是同一个种的序列，已经用clustal x和bioedit 比对和校正过，因为不会用PAUP，还是想用MEGA，求赐教，在此先谢过各位大神。虽然金币少了点，希望有好心人救救我吧。
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1楼2013-04-06 23:36:23
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yitiandeng

木虫 (著名写手)
BP跟相似度有关系？
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6楼2013-05-10 11:02:09
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的序列是同样长短的吗？
不是很明白你所说的临近互换算法，英文是什么?
一般bootstrap值低的原因是序列相似度太高。
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2楼2013-04-07 06:58:09
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行走的浪漫

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-07 06:58:09
你的序列是同样长短的吗？
不是很明白你所说的临近互换算法，英文是什么?
一般bootstrap值低的原因是序列相似度太高。

就是CNI，为什么是bootstrap值低是因为相似度太高？
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4楼2013-04-07 22:42:14
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
行走的浪漫: 金币+3, ★★★很有帮助, 虽然还不是很明白，但还是先谢谢，因为我有几个很相似的序列聚在一起的时候只有1%或者2%，这我就不明白了 2013-04-08 20:30:33
引用回帖:
4楼: Originally posted by 行走的浪漫 at 2013-04-07 22:42:14
就是CNI，为什么是bootstrap值低是因为相似度太高？...

比如3个序列
AAAAA
AAAAT
AAATA
不考虑编码的话，序列1和2，3的进化距离是一样的，那bootstrap的值可以预计在50%左右
如果
AAAAA
AAAAT
AAATT
序列1和2更接近，那bootstrap value就可能高些
同理可推
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-04-08 05:56:27
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