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wawa13998

新虫 (初入文坛)

[求助] 急~用MEGA构建的进化树上面数值好多都是0，这个是什么意思

从NCBI上下载了70种鳞翅目昆虫的COII基因序列，构建进化树，用的MEGA。出现好多0，是什么意思，如图。

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1楼 2013-04-04 21:58:59
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wawa13998

新虫 (初入文坛)
没有人回答吗
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2楼2013-04-04 23:07:08
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般来说，这个是bootstrap value，简单来说，可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值，一般只显示50以上，50以下的话就基本不可靠了。
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3楼2013-04-05 06:26:17
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wawa13998

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 06:26:17
一般来说，这个是bootstrap value，简单来说，可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值，一般只显示50以上，50以下的话就基本不可靠了。

谢谢~难道是我构建的方法不对？
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4楼2013-04-05 09:36:10
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lalafeng0401

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与，虽然你的回答值得推敲。一般是进化差异太小，导致各种可能性的树 2013-04-06 08:37:42
wawa13998: 金币+5, 谢谢~ 2013-04-07 14:32:27
主要是你的序列之间的差异性太大，这个没有太大关系，但为了美观还是设置一下value，凡是小于50%的隐藏就是了，主要是你对于这个树的分析，貌似这样画也不太好看，建议你看看一些paper中的树，进行参考。
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5楼2013-04-05 11:35:08
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by wawa13998 at 2013-04-05 09:36:10
谢谢~难道是我构建的方法不对？...

请仔细列出步骤
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6楼2013-04-06 08:38:14
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lalafeng0401

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wawa13998(wizardfan代发): 金币+2, 谢谢分享经验 2013-08-03 06:16:21
treeExploer输出你的书以后，view-options-branch里有一个hide the value lower than 50%(50是自己填的)，选中前面的框，然后OK，就可以把小于50的值隐藏了；至于树的形状可以在view-options-tree里面进行选择调整，最终的树要转移到PPT里进行美化，调整字体等，然后另存为图片（png格式），用PS调整像素和图片大小等，最终存为tif格式，就可以了。
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7楼2013-04-07 16:22:18
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lalafeng0401

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 06:26:17
一般来说，这个是bootstrap value，简单来说，可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值，一般只显示50以上，50以下的话就基本不可靠了。

从wawa13998发到图片来看，虽然属于同一个目，但是属的差异还是蛮大的，况且是功能蛋白对应的基因序列比较，如果不是很保守的话，差异性可能就更大了，呵呵。
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8楼2013-04-07 16:29:58
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xiayu608

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
wawa13998(wizardfan代发): 金币+3, 鼓励新虫发帖 2013-08-03 06:15:59
本帖内容被屏蔽
9楼2013-08-02 09:57:19
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