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急~用MEGA构建的进化树上面数值好多都是0,这个是什么意思
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wawa13998
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急~用MEGA构建的进化树上面数值好多都是0,这个是什么意思
从NCBI上下载了70种鳞翅目昆虫的COII基因序列,构建进化树,用的MEGA。出现好多0,是什么意思,如图。
823C6FF1-7116-463A-A585-B7676B0DCEDD.png
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1楼
2013-04-04 21:58:59
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wawa13998
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2013-04-04 23:07:08
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感谢参与,应助指数 +1
一般来说,这个是bootstrap value,简单来说,可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值,一般只显示50以上,50以下的话就基本不可靠了。
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2013-04-05 06:26:17
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wawa13998
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3楼
:
Originally posted by
wizardfan
at 2013-04-05 06:26:17
一般来说,这个是bootstrap value,简单来说,可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值,一般只显示50以上,50以下的话就基本不可靠了。
谢谢~难道是我构建的方法不对?
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2013-04-05 09:36:10
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感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与,虽然你的回答值得推敲。一般是进化差异太小,导致各种可能性的树
2013-04-06 08:37:42
wawa13998: 金币+5, 谢谢~
2013-04-07 14:32:27
主要是你的序列之间的差异性太大,这个没有太大关系,但为了美观还是设置一下value,凡是小于50%的隐藏就是了,主要是你对于这个树的分析,貌似这样画也不太好看,建议你看看一些paper中的树,进行参考。
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5楼
2013-04-05 11:35:08
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4楼
:
Originally posted by
wawa13998
at 2013-04-05 09:36:10
谢谢~难道是我构建的方法不对?...
请仔细列出步骤
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6楼
2013-04-06 08:38:14
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lalafeng0401
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★ ★
wawa13998(wizardfan代发): 金币+2, 谢谢分享经验
2013-08-03 06:16:21
treeExploer输出你的书以后,view-options-branch里有一个hide the value lower than 50%(50是自己填的),选中前面的框,然后OK,就可以把小于50的值隐藏了;至于树的形状可以在view-options-tree里面进行选择调整,最终的树要转移到PPT里进行美化,调整字体等,然后另存为图片(png格式),用PS调整像素和图片大小等,最终存为tif格式,就可以了。
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7楼
2013-04-07 16:22:18
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wizardfan
at 2013-04-05 06:26:17
一般来说,这个是bootstrap value,简单来说,可以看成是这个进化度的可靠性。
但是很少见到0的数值,一般只显示50以上,50以下的话就基本不可靠了。
从wawa13998发到图片来看,虽然属于同一个目,但是属的差异还是蛮大的,况且是功能蛋白对应的基因序列比较,如果不是很保守的话,差异性可能就更大了,呵呵。
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8楼
2013-04-07 16:29:58
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wawa13998(wizardfan代发): 金币+3, 鼓励新虫发帖
2013-08-03 06:15:59
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9楼
2013-08-02 09:57:19
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