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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请各位来看棵树
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秋电工

新虫 (小有名气)

[求助] 请各位来看棵树

近日学习用mega4.0建系统进化树，大概会操作了，但仍然有很多疑问。坛子里关于mega的帖子看了遍，迷茫发问的朋友多，解答的大牛人也有，我的问题和很多求助的虫友相似，现系统提出，渴望知道的大侠尽早看到此贴，尽早给若干小虫指点下迷津，不甚感激！
一，附件中的小树是用mega4.0，Bootsrap Value设置1000次建成。具体步骤如下：
a、打开mega软件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根据实际情况(DNA or 蛋白序列)选择Yes
b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）；
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat；
d、打开上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute；
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—将Boostrap（500 replicates；seed=64238修改为1000 replicates）--compute---获得进化树—设好格式---image –save as TIF file
问题来了，在坛子里看见各位大侠给出的步骤，要用Clustal X软件进行序列比对之后才能建树，请问，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢？上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢？
二，附件中小树节点处数值的含义，请各位解释下为什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）与HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB546196.1亲缘关系很近，甚至是同一个东西，HX6和AJ308316.1关系较近，这两类群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很费解呀很费解。
三，树下的标尺有什么用？去算枝长吗？枝长又代表什么，进化距离吗？如果枝长是进化距离，那bootstrap值又代表什么？
四，在坛子里逛的时候，看到有大侠说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法，什么是步长值法？本人建树目的是想得到菌株间的进化关系
五，看文献过程中，发现有部分文献的进化树要么只有标尺，要么只有bootstrap值，而且也没有对数值，标尺的含义做出解释，究竟什么样的树才算规范？
昨晚码了一个求助贴，满怀希望发的时候，系统维护，伤啊伤！今天抖擞一下，再次情绪饱满的发一个，敬候各位的佳音哈！
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1楼 2011-04-18 09:54:58
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
秋电工(金币+6): 很感谢，解答了我大部分问题，但是方法中有些具体的操作我还是不会，希望能更详尽 2011-04-18 11:08:26
scelab(金币+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示的77表明，1000次做树的过程有有77%次，也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起这个结果；

3、下面的标尺是枝长，也是进化距离，bootstrap值是可信度；

4、这个我水平有限，也比较迷惑，个人觉得你现在做成的树适合的进化研究；

5、一般是要有bootstrap值的，这个表示可信度，要是值低于50,一般别人是不认同的，有的文章没有标尺，可能是只想得到树的分枝情况，没有想要计算各个物种的距离，只要得到的一个树的拓扑结果吧，但是bootstrap值一般是要的。

对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……

只是个人意见，可能有偏差，有错误欢迎指出。
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3楼2011-04-18 10:52:28
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

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1266631楼: Originally posted by 红色日历 at 2012-06-05 18:06:20
请问进化树建出来以后分类地位低的物种的基因比分类地位高的物种的基因在树上的位置还要靠上，这正常吗？...

得到的系统树是根据你的基因序列来的，如果你的序列处理没有什么问题，那看下你用的是不是核心基因，有没有可能发生水平转移或者重组？如果没有的话，再来分析下原因，一般是不会出现这种情况的。。。
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10楼2012-06-06 08:59:23
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普通回帖

陈楹楹
2楼2011-04-18 10:04:59
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28:
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示 ...

“对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……
”弱弱问问大侠，这个具体怎么操作？mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么？
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4楼2011-04-18 11:13:05
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xp198766

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引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-18 11:13:05:
“对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……
”弱弱问问大侠，这个具体怎么操作？mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么？

MEGA里面的不知道有没有，没有怎么用MEGA，好像clustalx里面也没有，不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截，再导入到MEGA里面，再转换成MEGA格式，做树
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5楼2011-04-18 11:26:51
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28:
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示 ...

菜虫继续发问：关于标尺
1、为什么标尺有时候是1，2，有时候是0.05，0.02？如何设置标尺大小？
2、标尺用来算遗传距离，具体怎么算呢（比如，在附件的图中HX4与AB546196这一群和HX6与AJ308316这一群的距离看哪根树枝呢？或者不相邻的，再远一点儿的类群要看它们之间的进化距离怎么看呢？）
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6楼2011-04-23 12:14:21
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xp198766

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★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-04-23 12:54:21
标尺大小，不知道是软件看你的序列默认的还是可以设置，你可以去摸索下；
我觉得标尺是为了直观上看两个物种的距离的吧，一般是聚在一个枝里面的，说明它们相对比较接近，如果你想得到两两之间的距离的话，可以试试软件里面的dist matrix……
或者phylip软件里面的dnadist，我觉得如果不是做进化之类的分析的话，一个diversity distance 就可以吧，mage里面好像就有
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7楼2011-04-23 12:20:49
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红色日历

木虫 (小有名气)
引用回帖:
907076楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示的 ...

请问进化树建出来以后分类地位低的物种的基因比分类地位高的物种的基因在树上的位置还要靠上，这正常吗？
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8楼2012-06-05 18:06:20
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xp198766

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引用回帖:
1266631楼: Originally posted by 红色日历 at 2012-06-05 18:06:20
请问进化树建出来以后分类地位低的物种的基因比分类地位高的物种的基因在树上的位置还要靠上，这正常吗？...

得到的系统树是根据你的基因序列来的，如果你的序列处理没有什么问题，那看下你用的是不是核心基因，有没有可能发生水平转移或者重组？如果没有的话，再来分析下原因，一般是不会出现这种情况的。。。
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9楼2012-06-05 22:16:52
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