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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请各位来看棵树
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
909170楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 11:26:51
MEGA里面的不知道有没有，没有怎么用MEGA，好像clustalx里面也没有，不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截，再导入到MEGA里面，再转换成MEGA格式，做树...

MEGA可以比对后截取 我用的是5 可以的
不过个人感觉有时候截不截影响不是太大
刚试了个一百多个数据的比对 有不齐的 和剪切后的
两种的树做出来一样

不过我是做的蛋白树 不知道金银的会怎样=。=
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11楼2012-11-15 09:54:50
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
907076楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示的 ...

有关5
我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
我做的时候跟老板商量的据说是75以下的都容易变
这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
所以具体这个数值是多少我也没查文献

看很多人说50 我觉得对此还是根据自己不同情况分析以下比较好
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12楼2012-11-15 09:57:48
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
1283233楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-15 09:57:48
有关5
我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
我做的时候跟老板商量的据说是75以下的都容易变
这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
所以具体这个数值是多少我也没查文献

看很多人说50 我觉得对 ...

我觉得截齐了做树的话，避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差；但是针对一些蛋白基因，有些本身就很长，有些本身短，这种情况，我现在也不确定是不是也要截成一样长，有时，很多序列都很长，就1－2条比较短，这时候我也不知道该怎么办了，可以确定的是，截成一样长做树，做出来的树应该是不会有疑问，但是可能对序列的完整度有影响，得到的结果可能会有变化。
bootstrap值低于50确定是不可信的，但高于50只能说针对当前数据，在bootstrap方法检验下，是高于一半的支持率的，这个值当然越高越好，你选择不同数据，不同模型，bootstrap值一般都会有变化的，bootstrap值为100%也只能说是两个序列聚在一起的概率非常大，是个推测值，也不能绝对说他们就是一类的，我个人觉得就是一个统计分析结果，低于50%一般是不可信，高于50%可信度就高一点而已……
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13楼2012-11-15 12:05:44
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1283245楼: Originally posted by xp198766 at 2012-11-15 12:05:44
我觉得截齐了做树的话，避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差；但是针对一些蛋白基因，有些本身就很长，有些本身短，这种情况，我现在也不确定是不是也要截成一样长，有时，很多序列都很长，就1－2条比较短， ...

是这样的
我还做了一个别的实验
发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的 比如说一些LINKER
关于BOOSTRAP值 我明白你意思 我的意思不是问这个变化怎样 我的意思是这个值是不是应该调到75=。=b
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14楼2012-11-15 14:17:21
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
1283256楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-15 14:17:21
是这样的
我还做了一个别的实验
发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的 比如说一些LINKER
关于BOOSTRAP值 我明白你意思 我的意思不是问这个变化怎样 我的意思是这个值是不是应该调到75=。=b...

这个bootstrap值，我个人是看是否有利于我的分析，如果从经验上看，某个枝应该是可信的话，而假设它的支持率只有50，我就会选阈值为50，如果这个枝支持率达到70，我可能就会选70……有点个人偏向在里面；
在做微生物分类的时候，有的系统树里面的系列相似度都很高，那么做出来的树，支持率可能相对都比较低，有时候，达不到75的支持率，只好退而求其次了……
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15楼2012-11-15 15:13:19
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

那不同的物种序列长度肯定是有差异的做作树时，软件会自己处理这些长度差异的问题吧！
今年刚接触分子系统学，当时老师上课时说序列不用截齐！
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www------sr-------------
16楼2013-01-02 11:03:01
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白若薇

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须好好学习学习，太有用了。
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犯错不可怕，只要不犯写进档案里的错误皆可接受。
17楼2013-03-12 22:31:34
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邱宇

新虫 (初入文坛)
大侠有mega 4软件包吗？求分享！！！
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18楼2016-05-16 12:26:50
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宫馨竹

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示的 ...

你好，如果排列好的序列末端截了，末端变了还是不齐怎么回事？
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19楼2017-05-11 18:14:17
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