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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
909170楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 11:26:51
MEGA里面的不知道有没有,没有怎么用MEGA,好像clustalx里面也没有,不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截,再导入到MEGA里面,再转换成MEGA格式,做树...

MEGA可以比对后截取 我用的是5 可以的
不过个人感觉有时候截不截影响不是太大
刚试了个一百多个数据的比对 有不齐的 和剪切后的
两种的树做出来一样

不过我是做的蛋白树 不知道金银的会怎样=。=
11楼2012-11-15 09:54:50
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
907076楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28
1、clustalx 也是为了alignment,如果在MEGA里面alignment了,就不用clustalx了;

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分,把剩下部分随机打乱,拼成不同的序列,组成1000个你的alignment文件,做树,显示的 ...

有关5
我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
我做的时候跟老板商量的据说是75以下的都容易变
这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
所以具体这个数值是多少我也没查文献

看很多人说50 我觉得对此还是根据自己不同情况分析以下比较好
12楼2012-11-15 09:57:48
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
1283233楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-15 09:57:48
有关5
我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
我做的时候跟老板商量的据说是75以下的都容易变
这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
所以具体这个数值是多少我也没查文献

看很多人说50 我觉得对 ...

我觉得截齐了做树的话,避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差;但是针对一些蛋白基因,有些本身就很长,有些本身短,这种情况,我现在也不确定是不是也要截成一样长,有时,很多序列都很长,就1-2条比较短,这时候我也不知道该怎么办了,可以确定的是,截成一样长做树,做出来的树应该是不会有疑问,但是可能对序列的完整度有影响,得到的结果可能会有变化。
bootstrap值低于50确定是不可信的,但高于50只能说针对当前数据,在bootstrap方法检验下,是高于一半的支持率的,这个值当然越高越好,你选择不同数据,不同模型,bootstrap值一般都会有变化的,bootstrap值为100%也只能说是两个序列聚在一起的概率非常大,是个推测值,也不能绝对说他们就是一类的,我个人觉得就是一个统计分析结果,低于50%一般是不可信,高于50%可信度就高一点而已……
13楼2012-11-15 12:05:44
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1283245楼: Originally posted by xp198766 at 2012-11-15 12:05:44
我觉得截齐了做树的话,避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差;但是针对一些蛋白基因,有些本身就很长,有些本身短,这种情况,我现在也不确定是不是也要截成一样长,有时,很多序列都很长,就1-2条比较短, ...

是这样的
我还做了一个别的实验
发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的 比如说一些LINKER
关于BOOSTRAP值 我明白你意思 我的意思不是问这个变化怎样 我的意思是这个值是不是应该调到75=。=b
14楼2012-11-15 14:17:21
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
1283256楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-15 14:17:21
是这样的
我还做了一个别的实验
发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的 比如说一些LINKER
关于BOOSTRAP值 我明白你意思 我的意思不是问这个变化怎样 我的意思是这个值是不是应该调到75=。=b...

这个bootstrap值,我个人是看是否有利于我的分析,如果从经验上看,某个枝应该是可信的话,而假设它的支持率只有50,我就会选阈值为50,如果这个枝支持率达到70,我可能就会选70……有点个人偏向在里面;
在做微生物分类的时候,有的系统树里面的系列相似度都很高,那么做出来的树,支持率可能相对都比较低,有时候,达不到75的支持率,只好退而求其次了……
15楼2012-11-15 15:13:19
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

那不同的物种序列长度肯定是有差异的做作树时,软件会自己处理这些长度差异的问题吧!
今年刚接触分子系统学,当时老师上课时说序列不用截齐!
www------sr-------------
16楼2013-01-02 11:03:01
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白若薇

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须好好学习学习,太有用了。
犯错不可怕,只要不犯写进档案里的错误皆可接受。
17楼2013-03-12 22:31:34
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邱宇

新虫 (初入文坛)

大侠有mega 4软件包吗?求分享!!!
18楼2016-05-16 12:26:50
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宫馨竹

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28
1、clustalx 也是为了alignment,如果在MEGA里面alignment了,就不用clustalx了;

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分,把剩下部分随机打乱,拼成不同的序列,组成1000个你的alignment文件,做树,显示的 ...

你好,如果排列好的序列末端截了,末端变了还是不齐怎么回事?
19楼2017-05-11 18:14:17
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