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秋电工

新虫 (小有名气)

[求助] 请各位来看棵树

近日学习用mega4.0建系统进化树，大概会操作了，但仍然有很多疑问。坛子里关于mega的帖子看了遍，迷茫发问的朋友多，解答的大牛人也有，我的问题和很多求助的虫友相似，现系统提出，渴望知道的大侠尽早看到此贴，尽早给若干小虫指点下迷津，不甚感激！
一，附件中的小树是用mega4.0，Bootsrap Value设置1000次建成。具体步骤如下：
a、打开mega软件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根据实际情况(DNA or 蛋白序列)选择Yes
b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）；
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat；
d、打开上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute；
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—将Boostrap（500 replicates；seed=64238修改为1000 replicates）--compute---获得进化树—设好格式---image –save as TIF file
问题来了，在坛子里看见各位大侠给出的步骤，要用Clustal X软件进行序列比对之后才能建树，请问，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢？上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢？
二，附件中小树节点处数值的含义，请各位解释下为什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）与HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB546196.1亲缘关系很近，甚至是同一个东西，HX6和AJ308316.1关系较近，这两类群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很费解呀很费解。
三，树下的标尺有什么用？去算枝长吗？枝长又代表什么，进化距离吗？如果枝长是进化距离，那bootstrap值又代表什么？
四，在坛子里逛的时候，看到有大侠说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法，什么是步长值法？本人建树目的是想得到菌株间的进化关系
五，看文献过程中，发现有部分文献的进化树要么只有标尺，要么只有bootstrap值，而且也没有对数值，标尺的含义做出解释，究竟什么样的树才算规范？
昨晚码了一个求助贴，满怀希望发的时候，系统维护，伤啊伤！今天抖擞一下，再次情绪饱满的发一个，敬候各位的佳音哈！
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1楼 2011-04-18 09:54:58
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

【答案】应助回帖

★ ★ ★
秋电工(金币+6): 很感谢，解答了我大部分问题，但是方法中有些具体的操作我还是不会，希望能更详尽 2011-04-18 11:08:26
scelab(金币+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示的77表明，1000次做树的过程有有77%次，也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起这个结果；

3、下面的标尺是枝长，也是进化距离，bootstrap值是可信度；

4、这个我水平有限，也比较迷惑，个人觉得你现在做成的树适合的进化研究；

5、一般是要有bootstrap值的，这个表示可信度，要是值低于50,一般别人是不认同的，有的文章没有标尺，可能是只想得到树的分枝情况，没有想要计算各个物种的距离，只要得到的一个树的拓扑结果吧，但是bootstrap值一般是要的。

对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……

只是个人意见，可能有偏差，有错误欢迎指出。
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3楼2011-04-18 10:52:28
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28:
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示 ...

“对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……
”弱弱问问大侠，这个具体怎么操作？mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么？
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4楼2011-04-18 11:13:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-18 11:13:05:
“对了，你的alignment，排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……
”弱弱问问大侠，这个具体怎么操作？mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么？

MEGA里面的不知道有没有，没有怎么用MEGA，好像clustalx里面也没有，不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截，再导入到MEGA里面，再转换成MEGA格式，做树
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5楼2011-04-18 11:26:51
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-18 10:52:28:
1、clustalx 也是为了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了；

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分，把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列，组成1000个你的alignment文件，做树，显示 ...

菜虫继续发问：关于标尺
1、为什么标尺有时候是1，2，有时候是0.05，0.02？如何设置标尺大小？
2、标尺用来算遗传距离，具体怎么算呢（比如，在附件的图中HX4与AB546196这一群和HX6与AJ308316这一群的距离看哪根树枝呢？或者不相邻的，再远一点儿的类群要看它们之间的进化距离怎么看呢？）
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6楼2011-04-23 12:14:21
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