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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

【答案】应助回帖

★ ★ ★
秋电工(金币+6): 很感谢,解答了我大部分问题,但是方法中有些具体的操作我还是不会,希望能更详尽 2011-04-18 11:08:26
scelab(金币+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
1、clustalx 也是为了alignment,如果在MEGA里面alignment了,就不用clustalx了;

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分,把剩下部分随机打乱,拼成不同的序列,组成1000个你的alignment文件,做树,显示的77表明,1000次做树的过程有有77%次,也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起这个结果;

3、下面的标尺是枝长,也是进化距离,bootstrap值是可信度;

4、这个我水平有限,也比较迷惑,个人觉得你现在做成的树适合的进化研究;

5、一般是要有bootstrap值的,这个表示可信度,要是值低于50,一般别人是不认同的,有的文章没有标尺,可能是只想得到树的分枝情况,没有想要计算各个物种的距离,只要得到的一个树的拓扑结果吧,但是bootstrap值一般是要的。

对了,你的alignment,排列好了之后,一般要将首尾序列截成一样齐……

只是个人意见,可能有偏差,有错误欢迎指出。
3楼2011-04-18 10:52:28
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