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秋电工

新虫 (小有名气)

[求助] 请各位来看棵树

近日学习用mega4.0建系统进化树,大概会操作了,但仍然有很多疑问。坛子里关于mega的帖子看了遍,迷茫发问的朋友多,解答的大牛人也有,我的问题和很多求助的虫友相似,现系统提出,渴望知道的大侠尽早看到此贴,尽早给若干小虫指点下迷津,不甚感激!
一,附件中的小树是用mega4.0,Bootsrap Value设置1000次建成。具体步骤如下:
a、打开mega软件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根据实际情况(DNA or 蛋白序列)选择Yes
b、Edit—Insert sequence from file(.fastal的格式);
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat;
d、打开上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute;
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—将Boostrap(500 replicates;seed=64238修改为1000 replicates)--compute---获得进化树—设好格式---image –save as TIF file
问题来了,在坛子里看见各位大侠给出的步骤,要用Clustal X软件进行序列比对之后才能建树,请问,mega4.0中是不是嵌合了clustal么,为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢?上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢?
二,附件中小树节点处数值的含义,请各位解释下为什么HX4和AB546196.1(bootstrap值100)与HX6和AJ308316.1(bootstrap值77)两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB546196.1亲缘关系很近,甚至是同一个东西,HX6和AJ308316.1关系较近,这两类群又聚一起,而且bootstrap值97,大于77,很费解呀很费解。
三,树下的标尺有什么用?去算枝长吗?枝长又代表什么,进化距离吗?如果枝长是进化距离,那bootstrap值又代表什么?
四,在坛子里逛的时候,看到有大侠说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法,什么是步长值法?本人建树目的是想得到菌株间的进化关系
五,看文献过程中,发现有部分文献的进化树要么只有标尺,要么只有bootstrap值,而且也没有对数值,标尺的含义做出解释,究竟什么样的树才算规范?
昨晚码了一个求助贴,满怀希望发的时候,系统维护,伤啊伤!今天抖擞一下,再次情绪饱满的发一个,敬候各位的佳音哈!
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白若薇

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须好好学习学习,太有用了。
犯错不可怕,只要不犯写进档案里的错误皆可接受。
17楼2013-03-12 22:31:34
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