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秋电工

新虫 (小有名气)

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虫号: 836091
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专业: 中药资源

[求助] 请各位来看棵树

近日学习用mega4.0建系统进化树，大概会操作了，但仍然有很多疑问。坛子里关于mega的帖子看了遍，迷茫发问的朋友多，解答的大牛人也有，我的问题和很多求助的虫友相似，现系统提出，渴望知道的大侠尽早看到此贴，尽早给若干小虫指点下迷津，不甚感激！
一，附件中的小树是用mega4.0，Bootsrap Value设置1000次建成。具体步骤如下：
a、打开mega软件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根据实际情况(DNA or 蛋白序列)选择Yes
b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）；
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat；
d、打开上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute；
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—将Boostrap（500 replicates；seed=64238修改为1000 replicates）--compute---获得进化树—设好格式---image –save as TIF file
问题来了，在坛子里看见各位大侠给出的步骤，要用Clustal X软件进行序列比对之后才能建树，请问，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢？上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢？
二，附件中小树节点处数值的含义，请各位解释下为什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）与HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB546196.1亲缘关系很近，甚至是同一个东西，HX6和AJ308316.1关系较近，这两类群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很费解呀很费解。
三，树下的标尺有什么用？去算枝长吗？枝长又代表什么，进化距离吗？如果枝长是进化距离，那bootstrap值又代表什么？
四，在坛子里逛的时候，看到有大侠说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的步长值常用在鉴定菌种的进化树中而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法，什么是步长值法？本人建树目的是想得到菌株间的进化关系
五，看文献过程中，发现有部分文献的进化树要么只有标尺，要么只有bootstrap值，而且也没有对数值，标尺的含义做出解释，究竟什么样的树才算规范？
昨晚码了一个求助贴，满怀希望发的时候，系统维护，伤啊伤！今天抖擞一下，再次情绪饱满的发一个，敬候各位的佳音哈！

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