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seamas_gao2

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[求助] 求怎么用clustal比对序列，得出相似度？

小弟手头上有一个样品序列，然后还有一堆库存序列。我想比对一下样品序列跟哪个库存序列最相似，还要知道相似度是多少。请问怎样用软件实现，请尽量说的详细点，本人新手，十分感谢！

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1楼 2012-12-08 21:38:38

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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 回帖置顶 2012-12-09 17:40:52
amisking: 金币+5, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2012-12-09 17:41:03
seamas_gao2: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！ 2012-12-10 16:01:29

引用回帖:

3楼: Originally posted by seamas_gao2 at 2012-12-09 09:53:53
这个。。。你只是给了我一个很简单的clustal教程。。。。
跟我的问题一点都不沾边啊。。。...

我来尝试回答下你的问题，希望对你有用！

第一步：打开在线版的clustx
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/，把序列贴进去，进行比对，如下图

然后比对结果如下：

第二步，点击那个summary，进入下图

假设你的序列是1，与2，3，4 两两比较，就知道与谁最相似了

祝实验顺利！

[ Last edited by gyesang on 2012-12-19 at 23:53 ]