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seamas_gao2

新虫 (小有名气)

[求助] 求怎么用clustal比对序列,得出相似度?

小弟手头上有一个样品序列,然后还有一堆库存序列。我想比对一下样品序列跟哪个库存序列最相似,还要知道相似度是多少。请问怎样用软件实现,请尽量说的详细点,本人新手,十分感谢!
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 回帖置顶 2012-12-09 17:40:52
amisking: 金币+5, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2012-12-09 17:41:03
seamas_gao2: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 十分感谢! 2012-12-10 16:01:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by seamas_gao2 at 2012-12-09 09:53:53
这个。。。你只是给了我一个很简单的clustal教程。。。。
跟我的问题一点都不沾边啊。。。...

我来尝试回答下你的问题,希望对你有用!

第一步:打开在线版的clustx
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/,把序列贴进去,进行比对,如下图


然后比对结果如下:


第二步,点击那个summary,进入下图


假设你的序列是1,与2,3,4 两两比较,就知道与谁最相似了

祝实验顺利!

[ Last edited by gyesang on 2012-12-19 at 23:53 ]
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2012-12-09 15:55:10
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710002191

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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may
2楼2012-12-08 21:57:52
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seamas_gao2

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 710002191 at 2012-12-08 21:57:52
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5d1edf6a0100x2ji.html
肯定对你有用

这个。。。你只是给了我一个很简单的clustal教程。。。。
跟我的问题一点都不沾边啊。。。
3楼2012-12-09 09:53:53
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