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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】在用clustal 多序列对比时……求助！！！
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none1987

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】在用clustal 多序列对比时……求助！！！ 已有4人参与

我下了一个clustal 的汉化版，在进行基因多序列对比时，导入序列是fasta格式的文件，可是会出现图片所示的情况 ，除了atgc 还会有其它的编码，r或者n什么的，这是怎么回事？谢！！！




[ Last edited by none1987 on 2011-1-5 at 21:04 ]
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再懒惰散漫下去，乃的下场就是自挂东南枝~~~
1楼 2011-01-05 20:44:54
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genetics183

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你仔细检查了你的原始序列中没有出现R、N吗？
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士虽有学，而行为本焉。
2楼2011-01-05 21:51:50
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none1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by genetics183 at 2011-01-05 21:51:50:
你仔细检查了你的原始序列中没有出现R、N吗？

呃……在ncbi上下的啊，blast 对比之后
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再懒惰散漫下去，乃的下场就是自挂东南枝~~~
3楼2011-01-06 18:58:55
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shangming

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
哥们，怎么下fasta格式啊，我以前是粘贴的，不过clustal识别不了
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4楼2011-08-08 11:02:53
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by none1987 at 2011-01-06 18:58:55:
呃……在ncbi上下的啊，blast 对比之后

在原始序列中搜一下，把ATCG以外的字母删除，祝好运！
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5楼2011-08-08 11:56:28
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+3, MolEPI+1): good 2011-08-08 18:20:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by shangming at 2011-08-08 11:02:53:
哥们，怎么下fasta格式啊，我以前是粘贴的，不过clustal识别不了

fasta格式在NCBI里面可以选择的呀，如图：


fasta格式其实就是序列前面加个“>”符号，比如：

>gi|164424876|ref|XM_960153.2| Neurospora crassa OR74A hypothetical protein partial mRNA
CTTGCAACCATCGCTGCACTCTATCTGAGAGCGTTGCGCGCAAACCACATTCGTTTTTGACAATAAAAGACCATAATCGCCAAGAAATTAAAAAGCAAAGTCTCGATTGAATCAAACTCCTTTTCTCGTGCACCCGGCAA
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6楼2011-08-08 12:02:57
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