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none1987

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】在用clustal 多序列对比时……求助!!! 已有4人参与

我下了一个clustal 的汉化版,在进行基因多序列对比时,导入序列是fasta格式的文件,可是会出现图片所示的情况 ,除了atgc 还会有其它的编码,r或者n什么的,这是怎么回事?谢!!!




[ Last edited by none1987 on 2011-1-5 at 21:04 ]
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再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
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genetics183

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你仔细检查了你的原始序列中没有出现R、N吗?
士虽有学,而行为本焉。
2楼2011-01-05 21:51:50
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none1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by genetics183 at 2011-01-05 21:51:50:
你仔细检查了你的原始序列中没有出现R、N吗?

呃……在ncbi上下的啊,blast 对比之后
再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
3楼2011-01-06 18:58:55
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shangming

铜虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
哥们,怎么下fasta格式啊,我以前是粘贴的,不过clustal识别不了
4楼2011-08-08 11:02:53
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by none1987 at 2011-01-06 18:58:55:
呃……在ncbi上下的啊,blast 对比之后

在原始序列中搜一下,把ATCG以外的字母删除,祝好运!
5楼2011-08-08 11:56:28
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
dhd997(金币+3, MolEPI+1): good 2011-08-08 18:20:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by shangming at 2011-08-08 11:02:53:
哥们,怎么下fasta格式啊,我以前是粘贴的,不过clustal识别不了

fasta格式在NCBI里面可以选择的呀,如图:


fasta格式其实就是序列前面加个“>”符号,比如:

>gi|164424876|ref|XM_960153.2| Neurospora crassa OR74A hypothetical protein partial mRNA
CTTGCAACCATCGCTGCACTCTATCTGAGAGCGTTGCGCGCAAACCACATTCGTTTTTGACAATAAAAGACCATAATCGCCAAGAAATTAAAAAGCAAAGTCTCGATTGAATCAAACTCCTTTTCTCGTGCACCCGGCAA
6楼2011-08-08 12:02:57
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