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huifengnayan

铜虫 (初入文坛)

[求助] 序列比对,相似性

同一个基因,挑克隆子后送了N条序列,想从测序回来的这N条序列找不同的序列,怎样把一样序列去掉。 因为很多条序列,用眼看的话,看的很乱,有没有软件,可以看序列的相似性什么的。
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lanhai6589

铜虫 (初入文坛)

用DNAMAN软件里的多序列比对应该可以吧。
2楼2012-08-01 09:03:10
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shjia

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
实验室师兄介绍了一个clustalx-2.1-win,似乎很好用
3楼2012-08-01 10:53:58
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伤何处

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以用多序列对比软件进行比对,然后确定一样的序列,再删除掉。软件有ClustalX,也可以用Vector NTI 上面也整合有Clustal X,比较方便。
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
4楼2012-08-05 10:51:57
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

clustalx-2.1-win这个软件不错,可以推荐一下。
蓝精灵
5楼2012-08-05 11:37:09
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

用clustalw,然后用BioEdit来编辑。
Clustalx是图形版的clustalw,个人感觉编辑功能不给力
6楼2012-08-06 04:37:53
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我个人觉得MEGA5.0很好用,另外你同一个基因挑了N个克隆子测得了N个序列,但这N个序列中只有一头一尾有点点区别吧(测序本身的问题带来的),中间序列都是你那个基因应该是一样的,你这样做的意义何在啊??
生物化学与分子生物学
7楼2012-08-28 16:46:58
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我有几点疑问:
第一、这个基因多大;
第二、N是多少?
第三、怎样得到的克隆?T载体?这个基因是怎样获得的?纯粹是由PCR得到的?
第四、单纯就是这么怂克隆测序,意义不大,可能最后测序结果都是一样的。差异也许就是某些碱基的差异,这些差异还有可能是由于测序引起的。
第五、比对可以使用ixie生物软件,多序列比对,如MEGA、Clustal X等
呵呵~~~
总有一天我要修改用户名。
8楼2012-08-28 20:29:05
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