24小时热门版块排行榜    

查看: 1995  |  回复: 7

huifengnayan

铜虫 (初入文坛)

[求助] 序列比对,相似性

同一个基因,挑克隆子后送了N条序列,想从测序回来的这N条序列找不同的序列,怎样把一样序列去掉。 因为很多条序列,用眼看的话,看的很乱,有没有软件,可以看序列的相似性什么的。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lanhai6589

铜虫 (初入文坛)

用DNAMAN软件里的多序列比对应该可以吧。
2楼2012-08-01 09:03:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shjia

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
实验室师兄介绍了一个clustalx-2.1-win,似乎很好用
3楼2012-08-01 10:53:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伤何处

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以用多序列对比软件进行比对,然后确定一样的序列,再删除掉。软件有ClustalX,也可以用Vector NTI 上面也整合有Clustal X,比较方便。
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
4楼2012-08-05 10:51:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

clustalx-2.1-win这个软件不错,可以推荐一下。
蓝精灵
5楼2012-08-05 11:37:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

用clustalw,然后用BioEdit来编辑。
Clustalx是图形版的clustalw,个人感觉编辑功能不给力
6楼2012-08-06 04:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我个人觉得MEGA5.0很好用,另外你同一个基因挑了N个克隆子测得了N个序列,但这N个序列中只有一头一尾有点点区别吧(测序本身的问题带来的),中间序列都是你那个基因应该是一样的,你这样做的意义何在啊??
生物化学与分子生物学
7楼2012-08-28 16:46:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我有几点疑问:
第一、这个基因多大;
第二、N是多少?
第三、怎样得到的克隆?T载体?这个基因是怎样获得的?纯粹是由PCR得到的?
第四、单纯就是这么怂克隆测序,意义不大,可能最后测序结果都是一样的。差异也许就是某些碱基的差异,这些差异还有可能是由于测序引起的。
第五、比对可以使用ixie生物软件,多序列比对,如MEGA、Clustal X等
呵呵~~~
总有一天我要修改用户名。
8楼2012-08-28 20:29:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huifengnayan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +5 Ncdx123456 2026-03-19 5/250 2026-03-20 11:15 by wangy0907
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 10:37 by EBSD
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +14 陌の森林 2026-03-18 14/700 2026-03-19 22:38 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考研] 321求调剂 +8 何润采123 2026-03-18 10/500 2026-03-19 16:46 by 何润采123
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +4 守候夕阳CF 2026-03-18 4/200 2026-03-18 22:16 by li123456789.
[考研] 330求调剂 +3 小材化本科 2026-03-18 3/150 2026-03-18 21:55 by 无懈可击111
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-17 7/350 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 0854,计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
信息提示
请填处理意见