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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】氨基酸序列三维结构的获得
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】氨基酸序列三维结构的获得 已有2人参与

请教大家，我通过实验得到下列氨基酸序列，能否通过软件将他的三维结构显示出来？
如果能，应该如何做呢？
急盼大家帮忙，十分感谢。

MPTYKYSYFDVRGRGELVRYVFHAAGRDFEDDRVAREDWPSRKESTPFGQMPVLDVDGKKLAQSGAIARYAAREFDLAGKDSWEQALVDQYMGLVEDMFTEIVKVFFEKDEEKKKELQKNLAEVVFPKFCGLFEKALDQNGGKFFVGNSLTLADLAVLNAFDTPLHQHATLLDSFPKLKAHRERVMATPKLSEYIKNRKVTDI
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1楼 2010-08-13 09:22:22
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skee2008

金虫 (小有名气)

回复

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-13 15:20:43
lifei_dut(金币+2):谢谢你的帮助，我试试看。 2010-08-13 17:18:28
http://swissmodel.expasy.org/
申请个账号，用邮箱注册，然后登陆，选择automated mode,粘贴你的序列，submit，大约20分钟你的邮箱就会收到信息，就可以查看已经模拟好的结构

[ Last edited by skee2008 on 2010-8-13 at 12:22 ]
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有舍有得
2楼2010-08-13 12:21:55
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ASP2009

银虫 (小有名气)

可以

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-08-13 15:20:52
lifei_dut(金币+5):谢谢你的解释，要是能再详细一下说明就更好了。 2010-08-13 17:17:53
直接提交到 Swiss-model自动建模的话 可能不是十分准确，最好自己手工一步步做。
既然是新测的序列，估计PDB里面没有对应的结构。可以用同源模建进行三级结构预测。
首先把你的蛋白质序列进行blast，找到相似的结构作为模板，序列相似性大于30%的话就可以进行，模板可以不止一个，然后进行序列比对，比对可能需要调整。spdbv上就有一个同源模建的专题，按照上面做一遍就会了。
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3楼2010-08-13 15:15:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 08:58:13
lifei_dut(金币+3): 2010-08-18 14:26:55
引用回帖:
Originally posted by lifei_dut at 2010-08-13 09:22:22:
请教大家，我通过实验得到下列氨基酸序列，能否通过软件将他的三维结构显示出来？
如果能，应该如何做呢？
急盼大家帮忙，十分感谢。

MPTYKYSYFDVRGRGELVRYVFHAAGRDFEDDRVAREDWPSRKESTPFGQMPVLDVDGKKLAQSGAI ...

师姐可以看看本版块的同源模建的那个帖子，里面对从蛋白序列到三级结构已经写得很详细了
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4楼2010-08-18 08:38:29
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问您知道如何将氨基酸序列变成三维结构了吗？我也需要这么变，但是我不知道怎么变。。。。请您指教指教
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人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
5楼2015-07-13 15:29:23
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Swiss-model 及Modeller等都可以完成三维结构建模
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6楼2015-07-16 09:58:54
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